在曾任台湾"文化部"部长的龙应台看来，马英九有着严重的道德洁癖。在一次"总统"大选时，龙应台深夜接到一通告急电话，对方希望她能为候选人写一篇文章，随即被她拒绝。之后才得知，自家阵营也一直要马英九给其压力，希望她帮忙辅选，但马英九立刻一口回绝，"龙局长不会愿意的，试都不必试"。政治上的道德洁癖，让马英九在政坛很难交到朋友。
2004年台湾地区最高领导人选举中，陈水扁凭借"两颗子弹"翻盘。时任国民党主席的连战和亲民党主席宋楚瑜，愤而率领群众包围了陈水扁的官邸。此时的马英九，却以台北市长的身份，下令出动防暴警察，用高压水枪和铁丝网驱散群众。并且，在马英九就任国民党主席后，立即着手清退党内"多余的"工作人员。很多为国民党摇旗呐喊了一辈子的人，在收到一个装有遣散费的信封后，就被"清"出了党部大楼。
