1993年，连战出任"行政院"院长，马英九受邀出任"法务部"部长，由于办案力度过猛，马英九成为党内的箭靶，当时李登辉曾言："差点把国民党搞垮!"但是，马英九在"法务部长"任内的表现，成为其在台湾政坛崛起的重要资本。"法务部长"任上，马英九频频在台湾电视中以现代"包青天"的形象表露锋芒，大力提倡"反毒"和"肃贪"，并提倡狱政改革，允许犯人携带小电视、收音机及语言学习机进班房，甚至亲睡牢房以体验牢狱生活。但这个表面上强硬的"政客"背后，却一直隐藏着一个"书生"马英九。他曾在采访中说，每天上午进入办公楼上班的第一件事，就是先向敞厅的孙中山铜像行礼，并回想孙中山一生志业。
马英九一再表示，"政治人物应存诚去伪，以拙朴取代虚巧"，"官可以不做，但人不可以不做"。在他看来，"政治不该是勾心斗角、权谋而已，应该要有更多的诚意、格调及信任。"获得哈佛大学法学博士学位的马英九，笃信法律是现代人应该遵循的高于情和义之上的唯一最高行为准则。
