近几年，台湾当局对南海问题空前关注，尤其是大陆划定东海防空识别区以来。就在9月1日，"南疆史料特展"在台北开展。这是台当局首度展出南海档案史料，包括1946年12月中国完成接收进驻南沙太平岛，接收代表全体与太平岛碑一同合照，作为进驻接收南沙群岛的见证。也有1947年备案的"南海诸岛新旧名称对照表"及"南海诸岛位置图"，其中南海诸岛位置图划定的U形线，是中国南海主权确立的历史与法理基础。
马英九在致辞时称，任何有关南海协商、谈判或制定有关各方行为规范时，台方"不能够被排除"。目前，台湾实际控制东沙岛和南沙太平岛。不过，对于马英九主张让"东海和平倡议"适用于南海，舆论并不认同。有分析称，马当局一直把台日签署渔业协定归功于"东海和平倡议"，但在南海，行事乖张的菲律宾岂会像日本那样"友台"，它和越南这样的国家根本不会与台湾坐下来谈渔权。
