2012年9月，在日本"国有化钓鱼岛"举动引发台海两岸反对之时，李登辉声称："这件事与我们无关"，这是"日本人的事"。 "钓鱼岛只有一个问题就是'渔权问题'，不是'主权问题'"。2002年、2003年、2008年、2010年、2011年，李登辉均有"钓鱼岛是日本领土"的言论见报。
李登辉的涉钓鱼岛言论遭台湾知名人士驳斥。针对李登辉对于钓鱼岛的言论，台湾"揭弊天王"邱毅去年很愤慨地表示："李登辉真的是比汪精卫还汪精卫!"
