但是，马政府一名相关人士说，随着谈判准备工作在不触碰主权问题的形式下取得进展，有政府人士质疑称："怎么能以牺牲主权获取渔业权?"还有人担心，解决渔业权问题后，台湾将丧失提出异议的由头，尖阁将成为纯属日中之间的问题。
可以认为，坚持主权源于马总统自身的考虑。他10月在接受台湾电视台采访时称："没有主权就没有渔业权。"
由于中国多次呼吁台湾联防尖阁，日本政府原希望通过达成渔业权协定分离中台，但这一愿望已经落空。可以认为，马政府将摆出对日中双方都"若即若离"的姿态。
