双方尚未签署针对尖阁诸岛、八重山列岛海域等日台之间海域的渔业协定。日台宣称拥有权利的海域有所重叠，台湾渔船在日本领海附近捕鱼被日本巡逻船逮捕的事件频频发生。1996年以来，双方举行过16轮渔业谈判，但都没有取得成果。谈判从2009年中断至今。
