两个女儿先后担任孙中山秘书
宋耀如在信中介绍其长女宋蔼龄给孙中山当英文秘书。孙中山就任临时大总统，只有3个月时间。4月1日，孙中山解职，4月3日由宁赴沪，首先拜访了宋耀如，宋耀如坚留其住在家中"话旧"。4月6日，宋蔼龄首次以孙中山秘书身份公开露面，随其视察江南制造局，出席统一党欢迎会，会后又在哈同花园与孙中山及其长女孙娫、次女孙婉以及哈同花园主人哈同合影留念。4月7日至13日，孙中山应副总统黎元洪之邀，偕亲属赴鄂访问，宋蔼龄以秘书身份随行。4月14日回到上海，孙中山与其子女宿宋耀如家。
1913年2月，宋耀如随孙中山赴日本考察铁路事业。不久，"二次革命"失败，孙中山在北洋政府追捕下于8月逃亡日本。随后，宋耀如也被迫举家避难日本。1913年8月29日，在美国留学毕业的宋庆龄应父亲之召抵达日本横滨。据日本外务省档案《孙中山在日活动密录》记载，9月16-28日，宋氏父女三人赴孙中山处工作十数次以上。1914年宋耀如夫妇率儿女回到上海，住霞飞路。
当宋庆龄背着父母与孙中山完婚后，坊间盛传宋耀如与孙中山绝交的消息。宋耀如为维护孙中山和宋庆龄的声誉，特制了一套精美家具作为嫁妆，并故意张扬地寄送给新婚不久的女儿。
1916年以后，宋耀如身体状况越来越差，及至不能行动。1918年5月3日，宋耀如在上海病逝，年仅55岁，病危之际，三个女儿"随俟在侧"。
