受教长林乐知指派，宋耀如先后在苏州昆山、上海七宝镇等地传教。为筹措经费，他传教之余"重操旧业"从事经商，很快赚到一大笔钱，在当地建筑教堂、筹办教会学塾、儿童乐园和医药所。1888年9月，宋耀如由见习牧师转为正式牧师。
宋耀如亲自在教会学塾上课，向学生讲述美国独立战争、林肯总统和他的关于民主、自由的主张。1892年，宋耀如剪掉长辫，辞去布道团职务，转而经商，但仍兼基督教牧师。他同时出任几家洋行的买办，他还大量翻印西学书刊，介绍西学。
宋耀如的婚姻很美满，他的妻子倪桂珍生于1869年，其父亲倪韫山也是一中国籍牧师。两人一见钟情，婚后，倪桂珍继续跟随宋耀如到各地传教，过着不稳定却有着美好憧憬的生活，直到1890年宋耀如在上海虹口郊区建造了一幢房子，他们才有了安定的居所。倪桂珍与宋耀如育有子女六人，依次为：霭龄、庆龄、子文、美龄、子良、子安。
追随孙中山的"隐君子"
宋耀如热心传教和实业，同时也向往革命，结识了不少革命志士。1894年，孙中山与陆皓东取道上海，准备北上天津上书李鸿章，他们经人介绍与宋耀如相识。宋耀如与孙中山一见如故，他虽然不尽同意孙中山给李鸿章的上书，但仍将其改成短论形式，在《万国公报》第九、第十号上发表。这期间，他们在宋耀如家中"屡作终夕谈"。对清廷专制统治的不满，对西方民主与富强之学的崇尚，使二人结为密友，孙中山成为宋耀如家中常客。
宋耀如尽其所能地支持孙中山。他开办的华美印书馆，印刷中文《圣经》，也为孙中山印刷反清和传播革命思想的宣传品。在孙中山早期革命活动中，宋耀如的捐助为其重要的经费来源。
孙中山领导的革命曾屡遭挫折，但宋耀如始终相信他，支持他。
1912年1月1日，孙中山抵南京就任中华民国临时大总统。1月12日，宋耀如致函孙中山称"在华传教士团体的舆论是支持我们建立民国的"，"我已经与许多传教士进行了谈话，据我所知，外国力量不会干涉我们的行动，除非我们的军队伤害外侨或财产"。
