日本受到唐化水平极高，因此以唐代思想为主是当时日本的主流，唐代儒家衰弱而佛教兴盛，因此日本佛学思想极盛，朱舜水的前往使得日本第一次接受全面的儒家教育，因此这场教育影响深远。由于朱舜水的思想以最激烈的春秋思想为核心，属于最纯正的朱子学思想，因此对于德川幕府影响极大，朱舜水死后，以其学问形成了'尊王攘夷'为核心的水户学，与兰学、阳明学一起成为推动明治维新的三学。
康熙年间在大陆的家人偶然听到祖父在日本的消息，便出海前往日本寻找，朱舜水避而不见，要求后人必须着明装，蓄发髻方来，否则绝不相认。待到第二年，朱舜水后人到来时，朱舜水先生却已经去世了。朱舜水死前遗言："予不得再履汉土，一睹恢复事业。予死矣，奔赴海外数十年，未求得一师与满虏战，亦无颜报明社稷。
