明朝灭亡后，朱舜水的好友王翱的死亡对他影响极大，王翱誓不降清，以明服斥鞑虏而被割喉处死，使得朱舜水痛苦异常，此后张煌言又被捕遇害。朱之瑜鉴于复明无望，又誓死不剃发，"乃次蹈海全节之志"，学鲁仲连不帝秦，再次凄沧渡日，永不回故国。在此留在日本，教书授课。朱舜水和王夫是少有的几个可以保留汉家服饰和发髻的先生。而堂堂正正穿着明朝服饰的朱舜水是唯一一位，他对于日本的影响十分久远，比如日本拉面据说就是朱舜水先生带过去的。
由于朱舜水德高望重，很快受到德川光国的邀请前往江户讲学，在日本初造学宫，绘画图纸，度量尺寸，亲临施工现场指导，事后撰《学宫图说》。又造古祭器簋、笾、豆、登等，率学生习释奠礼，改定仪注，详明礼节。永历二十六年，德川光国设置彰考馆，由朱之瑜门生安积觉任主编，聘请朱之瑜指导，编纂鼓吹"尊王一统"之说的《大日本史》。
