1958年夏，面对美国第七舰队耀武扬威、昼夜巡弋的台湾海峡，毛泽东毅然下令炮击金门。此举不仅再次震撼了世界，更打掉了不可一世的美国海军的威风。在代国防部长彭德怀起草的《告台湾同胞书》中，毛泽东宣告："现在这个时代，是一个充满希望的时代，一切爱国者都有出路，不要怕什么帝国主义者。…… 希望你们不要屈服于美国人的压力，随人俯仰，丧失主权，最后走到存身无地，被人丢到大海里去。"金门炮战，取得了政治上和外交上的巨大成效。但由于实力悬殊，这时的人民海军还不可能在台海与美蒋海军的对峙中占据优势。为此毛泽东曾说："帝国主义者如此欺负我们，这是需要认真对付的。"
20世纪60年代初，在蒋介石"反攻大陆"的宣传下，台湾海军舰只频繁在浙江、福建沿海骚扰破坏，威胁大陆渔民的生产生活。对此，人民海军多次出海巡防迎击，奋力保卫东南沿海人民的生命财产。在1965年"八·六"海战中，一举击沉蒋军"剑门"、"章江"两舰，取得重大胜利。为此，中央军委嘉奖南海舰队某部，毛泽东亲派叶剑英、贺龙、徐向前三元帅前往医院慰问在海战中英勇负伤的 "钢铁战士"麦贤得。
到20世纪70年代，虽然人民海军的规模和装备在总体上仍十分有限，但在某些方面取得了长足进步。根据毛泽东关于"核潜艇，一万年也要搞出来"的指示，1971年9月，中国第一艘攻击型核潜艇建成下水。三年后，经过各个阶段的试验，该核潜艇被中央军委命名为"长征一号"正式编入海军序列。中国成为当时世界上少数几个拥有核潜艇的国家之一。1974年，在中央军委的直接指挥下，海军与其他军兵种联合作战，取得西沙海战的胜利，保卫了祖国南海岛屿和领海主权。所有这些，都为有效地粉碎外部包围和威胁、巩固海防以及海军自身的发展壮大奠定了坚实的基础。
