抗战爆发后，陈独秀的思想发生了很大的变化，他摆脱了党派利益的束缚，站到国共合作形成的抗日民族统一战线的旗帜下。同时，陈独秀与谭平山组织的"第三党"、救国会及一些民主人士接触，以图组成联合战线的团体，"不拥国，不阿共"，以争取民主、自由为目的。陈独秀严厉批判了托派的"教派精神"和关门主义，要求"全中国人民都应该拿出力量来援助抗日战争，除非甘心做汉奸"。1937年12月南京沦陷后，一时盛传中日言和停战。陈独秀公开发表谈话，要人民"相信政府确有抗战到底的决心，是不会中途妥协的"。陈独秀这些抗战言论，立即受到彭述之等托派临时中央领导人的批评，称陈独秀"完全表示了他放弃了自己多年来为之奋斗的革命旗帜，这等于叛变了组织，叛变了自己"。1938年夏，彭述之等给第四国际书记处写信，说陈独秀已离开托派。1942年5月27日，为国民党、共产党、托派三方都不容的陈独秀，寂寞地在四川江津病逝。
彭述之、刘家良、郑超麟、王文元等人虽然重新组成了托派的领导力量，但由于分歧严重，内部很快发生分裂。从此，中国托派分裂成两派，彭述之一派自称"多数派"，郑超麟、王凡西等另一派被称为"少数派"。托派分裂后，彭述之遭到"少数派"的种种批评。王凡西批评彭述之说："在我的认识中，觉得他有一个最大毛病，那就是接受了被斯大林伪造过的'列宁主义'，特别是……那个组织观念。"郑超麟对彭述之的批评更是毫不留情，说彭是冒牌农民、自封书记、国民党的辩护士、"王明以前的王明"，甚至说他是"第一个反托分子"、"一尊有害的偶像"。
【陈碧兰：一位女性的出现】
彭述之一度与向警予恋爱，但党中央不支持。向警予奉命去莫斯科后，彭心情非常糟糕，开始酗酒。这时，一位叫陈碧兰的女性的出现，抚慰了彭述之的心。
陈碧兰和罗亦农原是恋人，因陈先从苏联回国，罗亦农托付彭述之照顾陈碧兰--没想到引来又一段感情纠葛。为了解决陈、罗、彭三人之间的关系，中央政治局又一次召开会议。会上，陈碧兰只是哭，不说话。罗亦农姿态很高，表示自己不计较这些，以后还会与彭述之很好地合作。事后，罗亦农也的确表现得很好，一心扑在工作上。
1925年，彭述之与《中国妇女》杂志编辑陈碧兰结婚。1946年5月1日，彭述之和陈碧兰创办了两个托洛茨基主义的公开刊物，一是彭述之主编的理论和政治性的月刊《求真》，另一个是陈碧兰主编的《青年与妇女》，不久改名为《新声》，一直出版到他们1948年末离开上海为止。
