三、维护学术独立，特别要使中央研究院独立于政治之外。1957年8月，蒋介石逼迫原中研院院长朱家骅辞职，依照规章，中研院评议会推出3位院长候选人，最后由蒋介石拍板敲定。胡适对朱家骅被迫去职一事表示愤慨，他委托王世杰代他投票时，仍把第一票投给了朱家骅，以示对政治干预学术的抗议。后来经过4轮投票，胡适、李济、李书华3人被选为候选人。蒋介石选定了胡适，胡先回电表示不就，李济、李书华也表示，胡适不就，他们也不就。但这样一来，中研院的大权就可能由属于国民党派系的张其昀执掌。基于这一状况，胡适才改变初衷，于1958年11月5日到台湾定居。
回台湾定居的3年多，可以说是胡适一生最为暗淡的岁月。因为支持《自由中国》杂志，赞扬作为言论自由象征的杂志负责人雷震，建议蒋介石无为而治，不要再连任总统，更激怒了恋栈不去的蒋介石。
1961年11月18日蒋介石跟胡适的对话，可以说是他们君臣关系破裂的标志。蒋介石居然说"雷震背后有匪谍"，责备胡适只相信雷震，"不相信我们政府"。胡适则因雷震由言论获罪而对台湾政治表示"大失望"。此后，胡适在台湾受到"围剿"，被拥蒋学者扣上"七不懂"的帽子，即：不懂文学，不懂史学，不懂哲学，不懂中国的，更不懂西方的，不懂过去的，更不懂现代的。这就是胡适71年生涯的悲惨结局。
