1906年政治空气渐趋宽松，6月因《苏报》案入狱的章太炎出狱，蔡元培与黄炎培前往迎接，把章送往中国公学，又怕清廷节外生枝而立即把章送到开往日本的轮船上。章到日本后成为同盟会机关报《民报》主笔，写出一系列犀利的讨清文章。在忙于迎送安排章太炎同时，父亲重新启动修葺邹容纪念塔一事。他求助老友杨斯盛承接建塔工程，由杨接手得以完成，其间开了一系列会议，策划、组织、安排、实施，都由父亲来负责，那时的他才二十七八岁，正是精力旺盛的时期。7月3日邹容纪念塔落成，召开了隆重的纪念仪式，各界人士纷纷前往，在纪念塔前纪念这位反清义士，蔡元培致词，来宾们动容，此事成为上海乃至全国的头号新闻。成就此事之捐地者乃刘季平，造塔者乃杨斯盛，而动员刘、张，在幕后组织策划，串联而成者正是父亲黄炎培。
1908年初，父亲险些又一次遭难。此时父亲仍任浦东中学监督兼任川沙厅视学，起因是父亲在浦东中学的一次讲演中抨击了不良现象，从而得罪了地方宵小，被其告到省里，说黄炎培在浦东中学"演说革命排满"，同时引证在1903年新场镇演说案中，黄炎培即有反清反满的前科，应予撤职查办。江苏提学使毛庆藩接到举报后不敢怠慢，秘密调查了父亲的系列言行，发现父亲确有此种倾向，于是开始花费心思，欲构陷父亲于罪。上海、川沙两地社会人士闻讯后，纷纷起来为这位每月只领四十元大洋(当时中学校长月薪应一百元)的黄炎培抱不平，上书反对查办黄。江苏教育会则更不示弱，以教育会名义上书两江总督端方，以强硬的口气将事件提高到原则高度，给当局极大压力。在社会舆论压力下，端方和毛庆藩不想把事惹大，挑出事端来，从而采取折中办法，只撤销了黄炎培川沙厅视学一职，保留了浦东中学监督的职务。父亲本人又一次化险为夷，躲过了一劫。
1909年，在江苏教育会基础上成立江苏省咨议局，按江苏的八府三州划分地区，选出了一百二十名议员，其中十六位为常驻议员。结果，张謇出任议长，父亲黄炎培被选为常驻议员。他在省咨议局主要办过两件实事，即编制预算和撤销厘卡。
