后来，国民党被赶到了台湾，终于演成中国的分裂局面。李宗仁坦言国民党失败，却不愿看到祖国分裂。对于蒋介石的"小朝廷"，他建议应把台湾建成一"三民主义的实验区"，以在政治上与中共的政治体制唱对台戏；而不要动辄以"反攻大陆"作宣传，这是因为，"一种政治宣传，如果连自己都欺骗不了，如何能欺骗世人呢？"至于台湾将来的出路，他主张以政治的方式来解决。但无论怎样解决，都要看到台湾是中国领土不可分割的一个部分，因此他强烈反对以"联合国暂时托管"或"成立独立政府"的方式解决台湾问题。他认为，分离台湾的作法，国、共两党都不能接受。他说：
因据最近史家考证，远在殷商时代，台湾即为中国人所发现。隋、唐以后，中国即开始向台湾移民，晚而益盛。明末，荷兰人虽一度作短期的占领，但不久即为郑成功所驱逐。成功且踞台作反清复明的英勇斗争，虽以众寡不敌而失败，而台湾一岛却成为中国民族运动史上的永远纪念碑。清末甲午战后，台湾割归日本凡五十年。然珍珠港变起，中国对日正式宣战，马关条约失效，按国际公法，台湾遂复还于中国。一九四三年开罗会议，更经同盟国领袖正式承认。故台湾绝无独立的法律依据，任何中国人自皆不愿接受。《李宗仁回忆录》(下)，第1045页。
在李宗仁看来，解决台湾问题可循以下两个方案：
甲案：恢复国共和谈，中国人解决中国事，可能得一和平折中方案。
乙案：美国承认台湾为中国的一部分，但目前暂时划为自治区，双方宣布不设防，美国撤出第七舰队，使成为纯粹的中国内政问题，如此则战争危机可免。时日推移，大陆和台湾内部彼此敌视态度减轻，则真正解决便可实现了。《李宗仁回忆录》(下)，第1046页。
李宗仁的上述建议，与共产党反对美国干涉中国内政和反对台湾独立的立场，在大的原则方面是一致的。
