在杭州，他见到了自己的老朋友马一浮。当年在嘉州，马、熊二人共掌复性书院的教席，虽闹得不无别扭，但一别将近十年，两位大儒早已将不愉快抛却，重又唱和往还。但他在杭州的好日子并未多久，浙大校长竺可桢觉得熊已老迈，不会有多大作为，倒不如请个年轻的来，因此与之白眼，使熊郁郁不得志。
1948年秋末，熊氏便离别杭州，南下广州，投奔在中山大学执教的弟子黄艮庸。他在《与朱生》的信中说，"今之世局，离各大学无可居，而任何大学，都无可语。此苦事也。"对于离别杭州，他倒是想得开，"今兹重游，颇不耐热闷与卑湿，极感疲困，不可支。"熊氏曾说："余平生于读书外，总有散步山野，望云气、看飞鸟之时机，惟促处都市乃大苦耳，然亦时于庭院中苍茫望天也。"黄艮庸在番禺化龙乡有一处农场，并建有黄氏观海楼，熊十力来后，就与养女一起住在此处，读书散步，为养女讲讲佛学，也满足了他"望云气、看飞鸟"的愿望，生活极为惬意。
决定不离开大陆
1949年春，国共战局日渐清晰，国民党败局已定。此时的广州城，纷纷攘攘云集了各路观望的人士，或走或留，或远遁或近逃，这里都是一个不错的临时立脚之地。此时，正在广州乡下的熊十力也有些彷徨不安，他对国民党早已失去信心，但对共产党同样心存疑虑。熊虽然也算是辛亥老人，但毕竟与共产一途是两个路数，离革命的洪流甚远，能得何待遇还不得而知。
他本意很想回老家湖北或入川，专心治学，在致柯树平信中说："吾老年难动，若得伴即早回汉去。北碚尚有人硬来接，吾亦可入川去。因川中住过九年多，亦算第二故乡。吾决于故乡及北碚二者择一为安心之地。"但旋即，他又打消了回老家的念头，因为他听从老家逃难出来的人说，"武汉商务独占，人民无生路，多投江，有说武昌之下阳逻江段有回漩流处，尸浮二万余具是事实。""吾无可回乡生活。据云各县甚不安，情况甚难言。"
