1989年，叶飞以全国人大常委会副委员长的身份访问菲律宾，在访问期间有些菲律宾议员对台湾问题有错误认识，想搞什么"台湾关系法"。叶飞耐心地介绍了台湾问题的由来和我国政府的原则立场，严肃指出，台湾问题事关中国人民的民族感情，在这个问题上玩火是很危险的。在离菲前的记者招待会上，叶飞说，台湾问题总是要解决的，分离的现状不能长远持续下去。我虽老了，但有生之年仍然希望能到台湾看看。
1991年，他的大女儿叶小楠从厦门出差回到北京家中，向他汇报厦门的经济情况。和每次一样，他都十分认真地听，当听完台湾台塑王永庆先生拟在厦门投资建设大型石化项目的进展情况时，他站起来在房间里踱步，走了一会儿，他郑重地对叶小楠和王于说："我死后就葬在厦门，这是对你们俩正式的交代。"厦门，是他参加革命的地方，是他指挥了一生中最后一个战役的地方，是他指挥的部队惟一一次失利的地方。也许正因为那一次的指挥作战的失利，使他在人生的道路上留下了深深的遗憾，成为他心中未解的结，金门之结。他希望能看到祖国统一，但他也知道这个愿望在他有生之年很难实现。他想，生不能看到祖国统一，死也要在这离金门台湾最近的地方，等着那一天。王永庆投资使他敏锐的感觉到走经济合作也是一条促进统一的路子。因此，他坚信，随着历史的进程，爱好和平的中国人，一定能够开启智慧，找到新的、顺乎时代潮流、合乎两岸同胞利益的方法。
随着我国经济建设的发展，人民生活水平的不断提高，海峡两岸关系的不断发展，邓小平提出的"一国两制"解决台湾问题的构想，已经深入人心。看到这些，叶飞很高兴。他说："这些年，海峡两岸关系发展很快，福建和台湾的各种交往越来越多，我很高兴。现在，我老了，彻底退休了，对没能实现'登陆金门'已经没有什么遗憾。惟一遗憾的是，厦门、金门两个岛，离那么近，仍然鸡犬相闻，老死不相往来，有违潮流嘛。事实上，这两个岛完全应该扩大交往，发展经贸，促进繁荣的，双方如果形成共识，用和平发展金厦海峡来带动台湾海峡两岸的共同兴旺发达，多好。"他还说："我希望在有生之年，能看到祖国实现和平统一。如果那时还能走动，我会以一个平民、退休老人的身份到金门、台湾去旅游，是不是可以算作是实现了另外一种意义上的'登陆金门'。"
