在北京兵变后，东交民巷的外国公使团果然迅速做出反应，他们以外国人遭到抢劫为理由，在向袁世凯提出了强烈抗议的同时，还从天津等地调集卫队入京，以加强使馆区的巡逻警戒。不仅如此，公使团还威胁说，如果中国不马上组建共和政府、恢复良好秩序的话，他们将调集更多的兵力进入北京，大有重演当年"八国联军"侵华的架势。
由此，反对定都南京的声浪进一步高涨，《申报》在3月5日发表一篇题名为《对于北方兵变之观念》的评论，责问南京临时政府"袁总统尚可南来受任耶？""临时政府尚可建设南京耶？"江苏省议会也于3月7日通电指责南京临时政府强行要袁南下，"致统一政府迄未成立，奸人乘机煽惑，遂肇京、保之变"；"今全国大多数皆主临时政府设在北京，所见既同，自应协力以达公共之主张，岂可令挟私见争意气者败坏大局？"
而就在同一天，黎元洪发布了一篇十万火急的通电："顷闻京、津乱党操戈，首难虽平，余孳未清，祸变之来，将未有艾，外人对此，极为激昂，某国并潜谋运兵入规京辅"，"瓜分之祸，即在目前。"与黎元洪一样，其他省份的都督及将领如阎锡山、谭延闿、马毓宝、孙道仁、蒋尊簋、蔡锷、蓝天蔚、朱瑞、蒋雁行等人也都纷纷表态，主张定都北京。
事实上，孙中山、黄兴等人在这个问题上一开始就陷于被动的地位而不得不有所缓和，如孙中山在《复章太炎函》中说，定都一事，"可俟将来国民会议之。"黄兴也在《复庄蕴宽李书城书》中说，"国都问题当由国会解决，临时政府为暂行统治权之机关。"从以上表态来看，孙、黄虽有所退让并称由国民会议解决，但仍旧企图造成先定都南京的事实。
而"兵变"后，袁世凯也不再同专使团会面，却不时的派人将各地变乱的电报送来，其用意不说自明。在强大的舆论压力下，蔡元培等人也觉得局势悲观，他们向南京发去一电，称："内变既起，外人干涉之象既现，无政府之状态，其害不可终日"，"培等会议数次，全体一致谓不能不牺牲我等此来之目的，以全垂危之大局。"
所谓"高手过招，高下立现"，在政治权术和经验上，当时南方革命党毕竟远不如袁世凯来得老道；而在政治、经济、军事的资源上，他们也远不如北洋势力，在当时的情势压迫下，孙中山、黄兴等人即使心有不甘，但也只能接受专使团的建议，放弃原来建都南京并坚持袁世凯来南京就职的主张。
