目前的历史书大多将这次兵变指为袁世凯的预谋，但又语焉不详，缺乏直接的史料的证据证明，似有"因人定罪"之嫌疑。因此，也有部分史家反对这次兵变系"袁世凯策划"之说，如台湾学者吴相湘就曾在他的着作中说："自来论北京兵变者大多以为袁氏所主使，甚至有指出此乃用杨度计者。然以今论之则均不免挟意气成见之讥。以天下众恶皆归之袁，固非历史真相也。"
蹊跷的是，这次兵变虽说抢劫的规模很大，但似乎是专门冲着有钱的地方而去，特别城中的银号，更是一网打尽，遭灾最重，就连官府的存银处也遭到抢劫。据后来的统计，乱兵们在当晚的骚乱中至少抢走300万以上的银两。更令人奇怪的是，在当晚的兵变中，袁世凯那些主管北京治安的亲信们毫无动作，譬如掌管警政的赵秉钧在当晚传令全城巡警一律撤岗，不得干涉，以至于不少巡警自己都参与了抢劫活动。
当时任京畿五路备补军管带并亲历此事的冯玉祥在回忆录中说，"这天的兵变，最初是从东城铁狮子胡同总统府爆发，变兵是第三镇全体。起事的时候，他们把总统府团团包围，又撞进去放了一排乱枪，接着便大举抢掠，府中比较珍重的东西，搜刮净尽，连窗户什物也都捣毁一空。袁世凯的卧房也被击破了一角。这样闹了一阵，他们怒犹未息，又大举纵火，接着南北两城也陆续起火"。
冯玉祥认为，说这次北京兵变的主谋是袁世凯，显然是高估了他的实力，因为袁世凯在回乡数年后，已经失去了控制第三镇的能力，何况第三镇的军纪本就极坏。据冯所说，这次兵变的直接原因是"段芝贵减饷"一事导致了兵变，因为按之前的惯例，军队开拔前士兵每人加饷一两，"现在段芝贵却凭空把这一两银子减去。一两银子似乎算不了什么，可是在士兵的眼中，却非同小可。因为他们天天盼望的就是关饷。饷下来，扣除了伙食费，还剩得多少，他们一切打算和指望就都放在这上面。如今平白少去一两银子，这实在比要他们的性命还要严重。减饷的消息一传下来，士兵们无不愤激，口里不住地咒骂，算是袁世凯的八代遭殃，给他们骂烂了。……"
