而在谈到迁都问题时，广西同盟会员马君武怀疑宋教仁倒向袁世凯，出卖革命，于是对宋"言语讨伐"，争执中，宋教仁怒而打了马君武一耳光，马君武奋起还击，重伤宋教仁左眼，也算是一段革命逸史（胡汉民在《自传》中云："宋以是质马，而亟批其左颊，马还击，伤宋目。宋入病院，旬日始愈"）。
袁世凯"退归田园"的威胁并没有动摇孙中山要袁世凯南下就职的决心，为促使袁世凯尽快到南京就职，孙中山派出以蔡元培为团长，刘冠雄、钮永建、宋教仁、王正廷、汪精卫等人为成员的专使团前往北京，迎接袁世凯南下。等专使团到北京后，袁世凯倒是给予了盛情招待，但对于南下就职一事则模棱两可，只以"竭诚尽力，早日南行"相搪塞。
不料在专使团到达北京的第二天晚上（2月29日，），城北突然传来数声炮响，随即便是人喊马嘶，大火熊熊，街道上突然冒出成群的大兵，这群人一路上呼呼喝喝，沿途纵火抢劫，有些乱兵还冲到专使团的住处，吓得蔡元培等人慌忙逃到六国饭店避难，情状极为狼狈。
第二天查明，发生兵变的是曹锟统制的北洋第三镇，他们原本驻扎在北京城外，不知何故突然冲进城内，跑到东城和前门一带大肆哄抢，一路焚烧，还跑到专使团所住的煤渣胡同胡闹。到下半夜，兵变继续扩大，西城、北城也发生骚乱，当地的土匪闻风而动，趁火打劫，而部分巡警也加入了抢劫的行列。等到清晨，被砸被抢的店铺、钱庄、民居已经有数千家，还有几百间房屋被焚烧，似乎是为了掩盖抢劫的痕迹。
这次兵变，是不是袁世凯一手导演，目前还没有确凿证据。不过，坊间倒有个传闻，说是袁世凯的长子袁克定曾找几个北洋军的将领商议，说如果家父南下就职的话，到时直隶都督就要由别人接手，届时北洋军恐怕要被裁撤一部分，对大家很是不利；要想不让家父南下，首先是要把南方专使团给赶跑。曹锟等人听后，大为恼火，便说："这事也不难办，只有我们让弟兄们趁夜把专使团的住处围一围，放两枪，把他们吓跑就是。"袁克定说："只要你们一闹，到时就算专使团不跑，东交民巷的外交团也会出来抗议，届时家父就走不成了。"
还有人说，在兵变的第二天早上，正当唐绍仪向袁世凯汇报情况的时候，曹锟突然推门而入，向袁世凯报告说："昨奉大总统密令，兵变之事已经办妥！"袁世凯见曹锟说漏了嘴，起身大骂道："胡说八道，滚出去！"
