1947年6月的解放军反攻四平失利，与情报不准不无关系。因此，曹祥仁与林岳、岳军等破译骨干一起，创造出一套新的工作方法，很快就破译了国民党军队的密码，为辽沈大战做好了充分的技术准备。1948年8月，在确定的南下的方案后，为了便于指挥作战，东北军区和东北野战军机关正式分开，同时人民曹祥仁为东北野战军副参谋长。
林彪曾多次表扬二局的出色表现。他曾表示，作战方案、部队部署都安排好后，与其说等待他的命令，不如说是等待二局的命令。二局在战争中的作用不亚于几个纵队。
