10月18日，毛泽东从王耀南所带领的工兵营建设的桥上过河，中央红军开始二万五千里长征。
12月，他又在乌江为朱德队伍架设浮桥，使其队伍顺利过江，王耀南得到了全军通令嘉奖。遵义会议后，王耀南在红军四渡赤水的时候，仅用2个月的时间，指挥 工兵连克服重重困难，架起了10余座桥，大破天门洞架通赤水河，再次获得全军通令嘉奖，并且被毛泽东称为工兵专家。红军三渡赤水后，敌人继续围追堵截，处 境非常困难，何去何从？一时间没了办法，毛泽东想到了王耀南，便对总参谋长刘伯承说："部队当前的首要问题是过河，太平度的桥是否还在，你亲自找工兵专家 王耀南同志谈一谈。"王耀南接到命令后，立刻赶到太平度和二郎滩护桥守桥，保障了红军顺利渡过了赤水河。战后，红军总参谋长刘伯承对毛主席说："只要王耀 南有烟抽，红军没有过不去的坡，只要王耀南有酒喝，红军没有过不去的河。"
长征中爬雪山过草地也有着王耀南的功劳。王耀南带领全连在雪山上修桥铺路，为全军开道，700里的雪山路途中留下了许多工兵指战员的遗体。王耀南曾为了缅怀长征中的工兵士兵们写下了"逢山开路，遇水架桥"的挽联。
长征结束时，只剩一个工兵连了。红军工兵在长征中的伤亡和贡献可想而知。王耀南在长征中的重大贡献不言而喻，无愧于同志们送给他的"五个王"的称号。
