此后王耀南参加了5次反围剿，第3次反围剿结束后，王耀南于1932年1月率工兵连参加赣州战役。根据陈毅的指示，王耀南负责指挥工兵连挖掘10余条坑 道。第1次坑道爆破时，因观察爆破效果后才发起进攻而贻误了战机；第2次爆破时，红二师不肯将部队撤出危险区，担心再次贻误战机。红五团团长叶长庚命令敢 死队向城墙前运动，王耀南向三军团首长解释不能这么做，但是总部命令：工兵必须按时起爆，否则以违反战场纪律论处。第一炸点起爆，敢死队员全部牺牲。第二 炸点起爆，为工兵担任掩护的莫文骅连队阵亡70%。王耀南奉命组织挖掘坑道，敌方工兵利用坑道与我工兵对抗。敌主力一部利用坑道从赣州城里出击，袭击红一 指挥部，俘虏师长侯忠英。红一师腹部受敌，仓促撤出阵地。但是未及时通知在坑道中作业的工兵。王耀南等在坑道里死守，坚决不做俘虏，直到红十五军组织反 击，将敌人赶进赣州城，才将坑道中负伤的王耀南等救出。此次战役中，王耀南深深地体会到，工兵在坑道作业时必须携带武器，坑道光能防不能打是不行的。坑道 内必须挖掘战斗交通道，以防不测。王耀南就是这样在战争中学习战争。
长征路上架桥王
1934年，王耀南率工兵营奉命从石城前线经三角地急行军，于12日按时赶到了于都河边。周恩来亲任总指挥，征集杉杆、门板和船只等驾桥材料。王耀南对架 桥点、河川情况进行实地勘察，挑选了10个架桥点，决定在花桥、潭头圩、赖宫庙、大坪心、峡山圩架5座桥。在深水区的王耀南指挥战士用民船做桥脚，杉杆当 桥桁，铺上门板结构呈浮桥。刚开始架桥的时候，因为河面太宽，指挥船进入桥轴线很难，特别是夜间作业，河水声音大，指挥员的口令听不清，旗语看不见。于是 王耀南想出了一个主意，在每个船上挂一盏马灯，这样就解决了船偏离的问题，加快了架桥速度。他们在浅水区打木桩做桥脚，虽然征集了不少的架桥材料，但是仍 然不够。苏维埃政府和当地老乡大力支援。一位曹大爷献出了自己的寿材做了桥板。17日，王耀南接到了命令，红四团到达后立刻过桥，不得延误，其他各部必须 让路。不久，耿彪带领的红四军团赶到渡口，迅速过桥。王耀南等人奉命在桥头进行宣传和保障工作。
