"文革"初期，主持军委工作的叶剑英认为人民解放军是无产阶级专政的坚强柱石，认为军队绝对不能乱。为此，叶剑英与陈毅几位元帅和总政治部主任肖华等多次研究后，制定了一系列稳定军队、保护干部的措施，并得到了周恩来的支持。1968年3月，林彪、江青制造了所谓的"杨(成武)、余(立金)、傅(崇碧)事件"，诬蔑聂荣臻、叶剑英等元帅是"黑后台"，对叶剑英进行打击和批斗，同年11月，叶剑英被打成"二月逆流的黑干将"。处境艰难的叶剑英得到了周恩来的保护。1969年春节，毛泽东找几位元帅谈话，要他们到工厂去蹲点做调查研究，叶剑英被指定到新华印刷厂进行劳动锻炼。
这期间，周恩来十分关心已72岁高龄的叶剑英，他特意派杨德中去看望叶剑英，并带话嘱咐叶剑英千万注意身体。1969年4月1日至24日，中共第九次全国代表大会召开，在这次大会上，林彪作的政治报告中再次批判"二月逆流"。但因毛泽东、周恩来的亲自提议，加上叶剑英德高望重，在中共九届一中全会上，叶剑英当选为中央政治局委员。但林彪一伙并没有放弃对叶剑英的迫害，1969年10月，他们借口以所谓的紧急战备的需要，迫使叶剑英等许多老同志离开北京奔赴外地，叶剑英被"流放"到长沙，以后又辗转到岳阳、湘潭、广州等地，受尽了林彪及其追随者们的冷遇、刁难和折磨，而身在北京的周恩来心中时刻惦记着叶剑英，他多次打电话慰问叶剑英。
1971年9月13日，林彪叛国外逃葬身外蒙，周恩来抓住批林整风的时机，及时向毛泽东建议让叶剑英主持中央军委日常工作，并得到了毛泽东的同意。这样一来，急于篡党夺权的"四人帮"便把攻击的矛头对准周恩来、叶剑英。1975年1月，全国四届人大召开前夕，江青等人企图通过四届人大获取总理、人大委员长等人大政府最高权力，进行篡党夺权。他们派王洪文抢先到长沙见毛泽东，污蔑周恩来、叶剑英会像庐山会议一样搞政变，提出由江青来"组阁"。毛泽东严厉地批评王洪文，叫他以后"不要跟江青搞在一起，你回去后找总理、剑英谈谈"。关键时刻，病重中的周恩来与叶剑英商量后带病赴长沙向毛泽东请示全国四届人大人选，经毛泽东同意和全国四届人大通过：由朱德任全国人大常委会委员长，周恩来任国务院总理，邓小平任第一副总理兼总参谋长，叶剑英任中央军委副主席兼国防部长。
周恩来身患绝症，叶剑英全力挽救
早在1972年，周恩来被确诊为膀胱癌。随后，江青一伙以保密为名，封锁周恩来的病情，其目的是不让毛泽东知道详情，这样周恩来的病也就不能得到积极的治疗。"四人帮"一伙还企图从精神上摧毁周恩来，他们天天批"大儒"，骂"周公"，倒"宰相"，还无中生有的翻旧账，把当年敌人诬蔑周恩来并早已解决的所谓"伍豪启事"拿出来要周恩来重新"写交待"材料，还用种种"请示工作"、"看望病情"等借口来干扰周恩来的治疗与休息，企图使周恩来身心交瘁。对此，叶剑英非常焦急，于是，在一次陪同毛泽东接见外宾后，叶剑英迅速拿出周恩来的一瓶血尿标本给毛泽东看，直到这时毛泽东才知道周恩来的病情这么严重，他当即指示要抓紧治疗工作。毛泽东的指示下达后，很快中央就成立了周恩来医疗领导小组，由叶剑英牵头，汪东兴等人参加，负责周恩来疾病的治疗工作。1973年3月，周恩来经毛泽东同意请假两周，到玉泉山检查身体，这期间政治局会议和报告由叶剑英主持和签署，军委的工作也由叶剑英处理。
