1938年11月12日，蒋介石决定采取"焦土抗战"政策，火烧长沙城，当晚周恩来、叶剑英两人夜宿长沙八路军办事处。当办事处驻房着火时，叶剑英的警卫员范希贤叫醒了叶剑英。危急时刻叶剑英没有立即逃命，他首先想到的是赶快把周恩来叫醒。叶剑英不顾个人生命危险爬上二楼跑到周恩来住室大喊："着火了，快快起来！"并连拖带拉地把周恩来拽出火海。1941年1月6日，皖南事变爆发，为保护干部、减少损失，周恩来要叶剑英先撤回延安，他留在重庆坚持斗争；而叶剑英也积极劝说周恩来先撤回延安，自己留在重庆与蒋介石周旋。两人谁也说服不了谁，最后只好报请延安由毛泽东决定。毛泽东收到周恩来的电报后批示："董(必武)去渝，叶(剑英)回。"他们相处时，总是把危险留给自己，安全交给他人。
抗战胜利后，蒋介石挑起了内战。在国内外压力下，蒋介石同意美国参与国共两党的调停，并成立军事调处执行部，国共两党及美国三方各派一名代表设立委员会：叶剑英为中共代表，郑介民为国民党政府代表，铙伯森为美国政府代表。三方委员会受三人军事小组的领导，三人军事小组由共产党的代表周恩来、国民党的代表张治中、美国政府的代表马歇尔组成。就这样，叶剑英又在周恩来的直接领导下，活跃在统战的第一线，他们两人紧密配合，与美蒋斗智斗勇，揭露他们假和谈、真备战，假公正、真庇护的丑恶面目，受到了国内外人民的赞誉。
"文革"时期，两人风雨同舟，周恩来多次保护叶剑英
"文革"之初，周恩来全力领导国务院工作，党的八届十一中全会后，刘少奇被打倒，周恩来被毛泽东指定主持中央的日常工作，叶剑英则相继担任中央军委副主席、中央书记处书记、军委秘书长，奉命主持军委日常工作，而"文革"的实际领导权在林彪、江青、陈伯达、康生一伙手里把持着，所以周恩来、叶剑英开展工作时常常阻力重重。1966年12月，林彪、江青一伙筹划在1967年1月5日召开"批判资产阶级反动路线大会"，并指名要陈毅、叶剑英到会作检讨。叶剑英接到通知后，立即向周恩来作了汇报。周恩来听后，气愤地说："是谁同意他们开这个大会的？为什么不向我报告？"然后，周恩来拖着疲惫的身躯来到人民大会堂，并连续两个晚上接见群众代表，周恩来说："陈毅、叶剑英几位元帅都是拥护毛主席的，你们把他们作为全军资产阶级反动路线的代表是不符合实际的，召开这个会，我不赞成！"经周恩来多次耐心地说服教育，最后终于制止了这次批判大会的召开，保护了陈毅、叶剑英两位元帅。
