欲打"大老虎"，先除其党羽
陈廷敬还参与过一次打"大老虎"的行动。
康熙一朝虽然名臣众多，但大臣之间派系林立，党争严重。其中，保和殿大学士索额图和武英殿大学士明珠之间的斗争尤为激烈，两人形成了各自的利益网络，相互倾轧，疯狂贪腐。迫于两人的权势，官场上下敢怒不敢言。后来，直隶巡抚于成龙向康熙密奏说，天下的官位都已经被明珠卖完了。康熙问身边的大臣，为什么没有人参劾明珠，得到的答复是："人谁不怕死？"
当时，陈廷敬尚未晋升文渊阁大学士衔，官位不及二人，一直独善其身，没有加入任何一方。马甫平说："史料上没有记载陈廷敬是否参与了扳倒明珠的行动，但通过他的言行可以揣摩他在其中的态度。陈廷敬在明珠倒台之前给康熙讲书时，有一次讲《君子小人章》，提到君子光明磊落，从不伪装，而小人善于掩饰，滴水不漏，一旦得宠，容易成为不倒翁。按当时的形势，他的话有可能暗指明珠。"1688年，在康熙的暗中支持下，有人弹劾明珠结党营私、排斥异己，明珠遭到罢黜。
