第二次是巡视云南。当时云南巡抚王继文因为有功，即将升任云贵总督。恰好陈廷敬调任户部尚书，察觉到云南的库银有问题，于是再次巡视。原来，平定吴三桂叛乱后，王继文向朝廷瞒报了大批饷银，造成了库银的亏空。为了应付陈廷敬，王继文向富商借银子假冒库银，同时他的手下还有严重贪污问题。陈廷敬明察暗访，使得王继文认罪。
小说里的两个故事，一虚一实。历史上，云南巡抚王继文确实是由陈廷敬扳倒的。1685年，时任左都御史的陈廷敬连续向康熙上了三道奏折。在第三道奏折中，陈廷敬将矛头直指云南巡抚王继文，弹劾他趁平定三藩之际"亏损国课几至百万之多"，并且"侵没饷银已九十万余两"，请康熙下令彻查。
