之后，蒋介石仓皇地逃回南京，虽然他表现上答应国共合作、一致对外，但他心里很不舒服。一个是因为西安事变使他名誉受损，他一夜之间成了全国的罪人，并且外国也对蒋介石给予藐视，让他很没面子，很下不了台。一个是因为"剿共"大记没能如愿，相反共产党也因此事声名远播，日渐壮大，让他夜不能眠。最后一个就是因为西安事变让他更加提防杨虎城和张学良，留两人在身边，早晚还是心腹之患。
西安事变后，杨虎城失去了对西北军控制，被迫去欧洲"出国考察"，继续批评国民政府。七七事变后，杨虎城多次致电要求回国参加抗战。1937年12月他偷偷回国，和秘书、家人一起在南昌被逮捕软禁。此后一直被关押12年。其间，杨虎城小女儿出生，妻谢葆贞病死。
1949年，转向亲共之李宗仁下令释放他，但是命令并未被施行。1949年9月6日，国军弃守重庆前夕，毛人凤受蒋介石指示，在其直接命令下，杨虎城及其幼子杨拯中、幼女杨拯贵，其秘书宋绮云和夫人徐林侠以及他们的幼子"小萝卜头"宋振中等一共8人在重庆戴公祠被4名军统特务人员用匕首捅死，并用硝镪水毁灭了尸体。
