残忍的日军高层为防止细菌战的秘密被这些士兵泄露，进而引起国际社会的谴责和苏联的报复，竟下令将所有感染细菌的伤病员集中起来，命令日军宪兵部队对其进行"秘密处理"，最后毁尸灭迹。
据战后日本关东军军医部的数据统计，日军前线部队有1300多人因感染细菌死亡。为掩人耳目，日军将这些细菌战的牺牲品称为"病因不明的死亡"。作为报复，日军将大批在诺门坎之战中被俘的苏蒙联军士兵送进细菌战部队进行人体试验，制造了一幕幕人间惨剧。
二战结束后，苏联将远东战役被俘的关东军司令官山田乙三、医务队长娓琢隆二、兽医处长高桥隆笃、"731部队"训练部长西俊英等12名细菌战犯送交远东军事法庭予以起诉，追究其在诺门坎进行细菌战的罪行。"731"魔头石井四郎战后逃回日本，投靠美军情报部门，以提供细菌战资料为条件，换取美军对其免于起诉，逃避了历史的惩罚。而日寇细菌战的其他战犯和日本在中国其他地区犯下的细菌战罪行，至今也未得到清算。
