不久，黄埔学生军成立，金佛庄又兼任军校教导团第三营营长。
1926年3月初，金佛庄似乎对政局变化有了一种预感。设法向周恩来汇报了自己的思想，周亦有同感。要求他注意人身安全，并与时任黄埔军校汕头分校区队长的中共秘密党员廖运泽和教官顾仲起(军校一期生，投身革命前为沪上青年作家，太阳社骨干)等同志加强联系，做好应变准备。
果不其然，仅一两天后，广州发生了"中山舰事件"，当时金佛庄也被解除团长职务，调回黄埔军校改任第一团军事学主任教官兼改组委员长，法规编审委员长。
这足以表明，蒋介石对这位浙江同乡军干另眼相看，重其才干，希望能争取过来。
肩负秘密使命
那一时期，蒋介石几次在自己办公室单独召见金佛庄，百般拉拢利诱其退出共产党，且不必公开登报声明，金佛庄只是虚与应付，不为所动，蒋介石逼得紧了，他就表示:"请校座容我以后再作考虑。"这样也就避免了双方正面顶撞。
