第二，没有把反人道罪作为独立的起诉原因，是东京审判的严重不足。反人道罪包括日本对朝鲜、台湾等殖民统治地特别是在中国的占领区进行的残酷统治罪行，但在检察官的起诉书中几乎没有涉及这些问题，更没有把日本殖民统治的暴行作为战争犯罪来进行追究。战争最大的受害者即亚洲各国特别是中国民众的被害没有被摆到审判的正面。
第三，没有起诉搞细菌战和化学战的日本战犯，是东京审判的严重缺失。由于美国的庇护，在远东国际军事法庭审判的日本战犯中，有5000多名日本军人公然违背国际公约在中国进行细菌战和化学战，参与了细菌武器、化学武器的研制、生产和使用，包括惨无人道的用活人进行实验，理应受到严惩，但细菌战干将石井四郎、北野政次、若松有次郎、增田知贞等人，却被美军占领当局保护起来，并掩盖其重大的战争犯罪事实，成了为美国提供细菌战研究情报的"有价值的合作者"，而被免于起诉。作为交换条件，石井四郎等20名"细菌战专家"，向美国提交了长达60页的人体实验报告、20页的19年的作物毁灭研究报告和8000张"细菌战实验人体及动物的解剖组织"幻灯片；另还有石井四郎本人从事"细菌战各阶段研究20年经验的专题论文"。
由于美国的包庇，虽然侵华日军实施细菌战、化学战的事实早已真相大白，但日本政府至今不认错。虽经中国细菌战受害者多次向日本政府起诉、抗议，但一直到2002年8月，日本东京法院才作出"认定有侵华日军曾发动细菌战和杀害中国人民的事实，但拒绝向受害者赔礼道歉及经济赔偿"的裁决。不愿反省或否认自己过错的民族，极有可能重蹈覆辙。
第四，虎头蛇尾是东京审判的明显缺陷。第二次世界大战结束后，1948年3月，美国国务院政策计划委员会主席乔治釰凯南与麦克阿瑟共同提出，并得到美国国家安全委员会批准的对日本的"新方针"为：美国政府应保护日本不受共产主义的威胁。因此，美国必须在日本留驻军队，缔结对日和约应该是简单的、一般性的，而不是惩罚性的，等等。此前，美国就释放了大资本家鲸川和航空工业巨头中岛等人。这些人没有受到审判，也就使日本侵略的根源没有得到彻底揭露。1948年12月24日，即对7名甲级日本战犯执行绞刑的第二天，麦克阿瑟总部即宣布，释放仍在巢鸭监狱中服刑的岸信介等19名甲级战犯嫌疑犯。
