1949年4月24日,解放军解放太原,阎锡山乘飞机逃往广州,守城的国民党军官兵除被击毙外全部投降。而留在太原的河本大作被解放军俘虏,关押在太原战犯管理所。
在被关押期间,河本大作交代了自己的一些主要罪行,并跪在地上叩头,为自己的罪行忏悔,谢罪道歉,请求中国人民宽恕。1955年8月,河本病死在战犯管理所。