出狱后的司徒雷登第一件事就是重整校务。他四处奔走，筹募资金，推动燕大以最快的速度回到正轨。这又为他赢得了更多人的尊重。
1946年6月24日，司徒雷登七十华诞，燕大师生特地为他举行了盛大的祝寿庆会，而国内各党派代表，包括以张道藩为首的国府大员，以及由叶剑英领衔的中共高层，都出席了这次庆会。蒋介石还特以一块刻有贺辞的横匾作为寿礼，国民政府颁发"褒奖令"，赞扬他对中国教育的伟大贡献，及在抗日战争中体现出的与中国患难与共的精神。
这一年，司徒雷登在中国的名誉可以说达到了顶峰。
到底是哪国的大使？
在盛大的祝寿会结束半个月后，司徒雷登意外地接到了任命他为美国驻华大使的指令。
消息一经传出，中国各界好评如潮。上海《联合晚报》称："中国人民的患难朋友司徒雷登博士继任驻华大使的消息传来，有如阴云密布的天空突然出现了色彩鲜明的一道长虹……"
然而，大使是一个国家利益的代表，必须时刻以本国利益为先。这却与司徒雷登深厚的对华感情有着巨大的冲突。
早在1940年，司徒雷登就以一封长电文致罗斯福总统，要求美国直接以一笔政府贷款或商业贷款援华。而1942年，司徒雷登又提出，要求美国终止在华的"不平等条约"。种种举动，让美国国会内部对这个新任大使充满猜疑。他到底代表的是哪国的利益？
更何况，他还有一个来自中国的私人秘书傅泾波，负责帮他处理大使任内与中方互动的各项工作。在其他外交官员看来，这简直等同于让一名"外国间谍"在使馆内登堂入室。司徒雷登却没能意识到这一点。他上任后的第一件事，是致函白宫，"赶紧修补美国与中共的关系"。在司徒雷登看来，古老的中国拥有"至善理想之自由与民主之传统"。而国民党执意掀起的内战，使他眼前的一切都在分崩离析。他对国民党政府深深失望，并逐渐把目光投向了那个领袖们还穿着补丁衣服的新政权。经过司徒雷登的努力，美国国务院在1948年底勉强起草了一份应急计划，同意如果共产党进入南京，司徒雷登和大使馆可以留在南京，等待局势"澄清"。
等待，再等待
1949年夏，司徒雷登在南京街头耀眼的红旗下，努力地关注着中国的命运。对于未知的一切，他充满担忧。等待是漫长的，他一天天坐在使馆里，独自起草着美国承认中共政权的备忘录。作为一个美国人，他不知道陌生的"赤色运动"将怎样改变他所深爱的这个国家。这让他感到恐惧，也让他滋生出试图力挽狂澜的责任感，使他幻想以自己的方式影响中国。
3月10日，司徒雷登在给美国国务卿的报告中，请求允许他与中共高级领导会谈。报告中说："我希望我不仅作为美国官方代表与共产党接触，而且也作为一个久居中国，致力于中国的独立和民主进步，致力于造福于中国人民而联络两国关系的中国人民的朋友与共产党接触。"一个多月后，司徒雷登的驻留南京，成了中外关注的焦点。中美关系将会由此生出怎样的变化吗？人们充满期待。
对此，中共做出的第一个决定，是调任燕京大学学生、司徒雷登私人秘书傅泾波的同班同学黄华出任南京军管会外侨事务处处长。周恩来交待他，可以"作为燕京大学校友同司徒雷登进行私人接触，看看他有什么要求和愿望"。(《建国以来周恩来文稿》，中央文献出版社)
4月28日，毛泽东电示进驻南京的邓小平、刘伯承等，指出"如果美国及英国能断绝和国民党的关系，我们可以考虑和他们建立外交关系的问题"。(《毛泽东年谱》，中央文献出版社)三天后的傍晚，黄华以燕京大学学生的身份，登门拜访了老校长司徒雷登。表面上虽是师生重逢，谈及的话题却始终没有离开国民党政权垮台后中美关系这个敏感话题。司徒雷登向黄华表示，愿同新中国建立新关系，希望中国政府能广泛地吸收民主人士参加。黄华一直谈到深夜才告辞离开，这次谈话让司徒雷登看到了与中共和平接洽的曙光。他兴奋地向黄华表示，他自己的奋斗目标是统一、和平、真正的民主政府和国际友善。
事实上，大洋彼岸的美国国务院对于与中共建交并不持乐观态度，更多流露的是对司徒雷登的怀疑。国会内部大批的反共势力更增添了司徒雷登的担心。
他将希望倾注在与中共领导人的直接会晤上，这样可使自己回国后为中共讲话更有力量。对黄华，他声称，是根据美国副国务卿魏伯的指示，希望他在返美前可以与周恩来直接接触，而他个人则希望离华前可往燕京大学一行。对美国，他则隐瞒了自己主动要求北上的事实。黄华立刻将司徒雷登的要求上报了中央。
6月16日，由时任燕京大学校长的陆志韦写信邀请司徒雷登北上，在燕京大学度过他8天后的73岁生日。这大大增强了司徒雷登与中共接触的信心。他欣喜地向黄华表示，自己已经得到美国国务院的指令，赞成他与中共联络，并在他返回美国两个月后，将以私人身份回北平，将来美国承认中共政权后，再正式任命他为驻华大使。
6月21日，周恩来以中央的名义给南京市委去信，通知南京市委陆志韦已经去信暗示司徒，"如请求来平，可能得到中共许可。他如不再提，我们暂时不必表示，以观其变"。毛泽东又特意在信中加了一句："待他返美前约十天左右，可表示如他欲去平，可获允许并可望与当局晤谈。"(《建国以来周恩来文稿》)
回不去的燕京
此时已是司徒雷登滞留南京的第59天，似乎一切等待都出现了曙光。然而，他又迟迟没有动身。美国国会庞杂的意见让司徒雷登焦灼不安。他让傅泾波找到黄华，希望中共能主动要求他去北平，并允许乘美机前往，以此来平息美国国内向他施加的源源不断的压力。
6月28日，黄华再次登门拜访，并告知司徒雷登，中共中央"准许司徒去燕京一行，彼希望与当局晤面事亦有可能"。司徒雷登向学生坦承，此时北上，必须得到美国国务卿艾奇逊的许可，他并不能立刻动身。在急切的盼望中，他不能忘记自己美国驻华大使的身份。毕竟，他已经太多次自作主张，引来了国会多方的不满。
他不得不继续等待。
司徒雷登的一再拖延也引起了中共领导人的不满。6月30日，周恩来电告南京市委，责成黄华严格按照28日中央的说法答复司徒雷登，并特意叮嘱，司徒雷登北上燕京及与中共当局会面两事"均为司徒所提出，决非我方邀请，此点必须说明，不能丝毫含糊，给以宣传借口"。电报的最后，周恩来说："我们对美帝亦决无改变其政策的幻想。"(《建国以来周恩来文稿》)
7月2日，司徒雷登终于等到了华盛顿的回电，却是一封言辞格外严厉的指令。美国国会纷繁复杂的意见让艾奇逊最终放弃了与中共接触的可能，命令司徒雷登于7月25日之前必须离华，"在任何情况下都不得访问北平"，离华前绕道广州，以示对国民党政府的支持。
情势的急转直下给司徒雷登带来巨大的打击。他不能允许自己就此离开中国。他反抗华盛顿让他绕道广州的命令，并一再拖延，一边又命傅泾波与中共多次交涉，希望允许他乘美机北上。他甚至想在返美停留一段时间后，再次返华，请求美国国务院拟出他"重新返华而又不违反国际惯例的某种方案"。抗命的司徒雷登引起了国会的愤怒。7月25日，华盛顿再次来电，勒令司徒雷登8月2日之前必须离开中国。
一切梦幻，终成泡影。
他愿意死在中国
8月2日，国会所给期限的最后一天，司徒雷登在南京明故宫机场，黯然登上了经日本冲绳岛返美的飞机。两天后，美国国务卿艾奇逊发表震动中外的白皮书《美国与中国的关系》，历数美国多年来对国民党政府的支持，字里行间都在追问：到底是谁丢了中国？除了将美国对华政策的失败推诿至蒋介石政府，司徒雷登也成了众矢之的。懵然无知的司徒雷登却在途径冲绳岛时，未向国务院请示就擅自发表声明，称美国应承认中国共产党领导的新政权并与之保持商务关系。此举令美国国务院上下震惊。美国国务院决定对司徒雷登下达"禁言令"，不准他的声明在国内发表，更不准他再擅自发表任何言论。
面对白皮书，中共领导人的态度格外强硬。
8月18日，毛泽东针对美国白皮书发表《别了，司徒雷登》，将司徒雷登称为"美国侵略政策彻底失败的象征"，并宣称："司徒雷登走了，白皮书来了，很好，很好。这两件事都是值得庆祝的。"此时的司徒雷登已难见容于中美两国，进退两难的司徒雷登说："我是为了中国，别无其他。"回到美国后的司徒雷登郁郁寡欢，深居简出。美国政府勒令他"闭门思过"，三个月后，心情颓败的司徒雷登在火车上中风，从此半身不遂。那场企盼中的北上之行，至此一生未竟。
晚年司徒雷登最大的遗憾，是没有在1949年的夏天一意孤行地北上，哪怕对国会"先斩后奏"。1952年，燕京大学在院系重组中一分为八，所在校址则由北大迁入。从此燕大不复存在。听闻这个消息的司徒雷登惟有长长的叹息。
1962年，司徒雷登在华盛顿溘然长逝。生前他曾说："我生在中国，也愿意死在中国。"然而这个愿望永远都无法实现了。他最后的遗愿是将骨灰送回他的故土中国，在燕京大学与夫人合葬。这个愿望的实现历经了近半个世纪的坎坷曲折。由于种种原因，他的骨灰最终没能回到他魂牵梦萦的燕京大学，而改在杭州落葬。
2008年11月17日，司徒雷登的骨灰在中美官员和燕京大学校友的注视下，永远地回到了他所深爱的这片土地。
墓碑上刻印了司徒雷登的大幅照片。
夕阳下，他眼神悠长，仿佛望向没能去往的北方。
