"很对，马上去办。"拉贝于是立即让秘书和助手们行动起来，这也就有了日本军队进入南京城后他签发的第一份文件--《致难民收容所难民的重要通知》：
1. 紧急呼吁所有的人尽可能不要在街上逗留。
2. 在最危险的时候，建议躲在房子里或不会被看见的地方为好。
3. 我们提请注意，难民区专为难民设立。我们不得不遗憾地指出，难民区无权为中国士兵提供保护。
4. 如果日本人来难民区检查或巡视，必须予以通行，不得向他们实施任何抵抗。
这位"南京好人"--后来南京人一直这样称拉贝，他期待没有任何战争防范意识的市民们千万不要轻易在日本军队进城时上街或到居室之外的地方"逗留"，
以防不测。
果不其然。这一天，家住评事街的孙仲芳，听说日本人要进城了，便与几位女伴上街看热闹，哪知突然听到有人大喊"鬼子来了"！几个人抬头一看，四面城楼上站着的都是持枪的日本人。"叭叭""叭叭……"子弹立即呼啸而来。孙仲芳命大，在一片哭喊声中，她跑回了家。22岁的她，在母亲劝说下，抱起不到两岁的儿子"小狗子"，与哥哥随溃败的部队辗转到了安徽，这期间她与哥哥及"小狗子"走散。为了生活，孙仲芳第二次嫁人，丈夫是国民党士兵黄世清。孙的首任丈夫是南京市的警察，没能逃出日本人的魔掌，母亲也惨遭日本兵的奸污，不久便去世了。抗战后，孙仲芳与丈夫一起回广西老家农村，一住就是50年。丈夫黄世清去世后，孙仲芳又嫁给本村农民何成才。1990年第三任丈夫又去世。80余岁的孙仲芳因为没有与后来两任丈夫有过生育，故她格外思念失散的亲生儿子"小狗子"。2000年夏，孙仲芳老人回南京寻亲的消息震动了南京、上海等地，上海公安局的同志在查阅户籍档案时发现了一个叫"孙家才"的人，觉得与"小狗子"情况接近。经联系相认，孙家才果真就是孙仲芳走失的儿子"小狗子"。此时"小狗子"已是66岁的退休工人。当年7月19日，离别63年的母子终于相见团聚。"小狗子，我终于找到你啦！"孙仲芳老人抚摸着已是皱纹满脸的儿子，悲喜交加。
然而，那些没有逃出南京城的市民们，则没有孙仲芳和她儿子那么幸运了……
长长的秦淮区王府里小巷，此刻只剩下3号的周湘莲一家9口人了，由于周家的老奶奶舍不得老房子，所以日本人进城后周湘莲的爷爷及父亲挡在门外。年轻力壮的周湘莲父亲自知应当保护全家，13日上午，炮火在街头飞舞，他出门到南门外乌桥时，就被迎面而来的日本兵一枪击碎了脑袋。有人向周家报讯后，周湘莲的母亲当场昏倒。爷爷说啥也要把儿子的尸体找回来，结果出门后再也没有回家。等再有男人进周宅时则是几个日本兵。他们端着枪，一见脸上涂满灶灰的周湘莲母亲，不由分说，一枪托打过去，然后扒掉其衣服，当着周家老老小小的面强奸了她。
"花姑娘的有！"日本兵并没有就此罢休，将17岁的周湘莲和13岁的妹妹周湘萍轮奸了长达数小时……
闹市中心的新街口一民宅的防空洞处，一个五六岁的孩子不知日本人进城的危险，趁大人不备时，自个儿站到了洞口。走在大街上的日本兵向小孩招招手，嘴着"叽里哇啦"说着听不懂的话。孩子害怕了，于是赶紧往洞里缩头，结果"砰"的一枪，小脑袋血浆四溅。洞内突然传来孩子母亲的哭喊声，几个日本兵端着机枪，先是扔手榴弹，再是机枪扫。防空洞很快塌下，里面的人一个都没有出来。
一队日本兵走到鼓楼医院门前，见一群穿着军装的中国男人往巷子里躲，便迅速将巷子两端包抄堵断，随后一阵密集枪声……小巷子内满地鲜血。
拉贝已经无法制止这些日本兵的暴行了，他们的车子几乎每走一二百米，就能遇上一起血腥的暴行，中国军人和平民们的尸体横满街头。"我检查了这些尸体，发现多数是背部被子弹击中的。看来这些人是在逃跑时被人从后面击中而死的。"他在当日的日记中这样叙述。
沿路，拉贝看到无数民居和公共建筑被焚烧，而且在一堆堆大火中时常还能听到男人和女人那凄惨的叫喊声。当他企图去抢救时，日本兵用刺刀和枪托挡住了他。
拉贝只得去关切他所熟悉的德国人留下的财产--那个起士林糕饼店在他进去之前看样子已经被日本人洗劫了。黑姆佩尔饭店也被砸得一片狼藉。
有人提醒拉贝：应当告诉进城的日本军队，让他们了解安全区的位置，不允许其随便入侵。
拉贝认为这是对的。于是他带头举着德国国旗，手臂上还戴着红十字会袖套。有人向他建议还应当举一面太阳旗，并且这样告诉他："日本兵不打举太阳旗的人。"
"我有自己的国旗就行了！"拉贝不从，因为他已经看到城内有人在家门口挂起太阳旗而被另一帮人骂为"汉奸"。
城门口，大批日本兵列成一个个方队正浩浩荡荡地开进城内。穿着西装系着领带的拉贝，站在路边，手中托着一张自制的地图，上前对一个日本军官比划着，指指点点地告诉他安全区的位置。
"你的德国人？你的大大的好！"满身都是血腥味和汗渍味的日本军人向拉贝竖着大拇指，既像表扬他，又像嘲讽他。
拉贝才不管这些，他认为能让日本兵了解他的安全区才是他的责任，这样可以避免更多的人受伤害。
"我已经命令手下的人在我们的安全区四周插上了许多小白旗，当你们见到这样的小白旗时，敬请一定不要进入。"拉贝苦口婆心地向一路走过他身边的日本兵解释着。真有人听他的？拉贝不知道，但他认为必须这样做。
离开城门口，拉贝搭上车子，飞速向城内的安全区驰去。路上，他们遇见了一队由日本兵押着的约200名中国工人队伍。
"先生救救他们，日本兵肯定会打死他们的！"同车人对拉贝说。
拉贝立即跳下车子，上前向日本兵亮了一下自己的身份后，提出要求释放这些工人。
一个日本兵上下将拉贝打量了一下，然后用枪托在他胖乎乎的肚子上一推："你的，让路！"
拉贝对日本兵的粗暴无礼表示抗议。
日本兵朝他轻蔑地一笑，只管干自己的事。拉贝望着中国工人一张张可怜的脸，无能为力地耸耸双肩。他在胸前画了一个"十"字，祈祷他们平安。
"哒！哒哒……"拉贝没有走多远，就突然听到一阵密集的枪声和叫喊声。虽然视线被一堵墙隔着，但拉贝相信一定是日本兵对那些中国工人下手了。
12月13日，本应该向西门子创始人--恩斯特·维尔纳·冯·西门子先生做一次生日祷告，然而现在，拉贝这位虔诚的基督徒，却看到了一群群比豺狼更狠毒更残暴的野兽。
野兽！他们就是野兽！拉贝眼睁睁地在司法部大楼里看着四五百名放下了武器的中国军人被日本人捆绑着强行拉走枪毙。"这是惨无人道的屠杀！屠杀！屠杀--！"
在回自己家的那个小院时，拉贝的眼睛都要冒火星了：仅在离他院子50来米处，一个打死后又烧焦了的中国士兵被绑挂在竹竿上，尸体的焦味和炭黑的躯体，令拉贝呕吐。
"魔鬼也干不出这样的事！"拉贝咆哮着在屋子里骂了快半小时，如果不是斯迈思向他报告安全区面临的一大堆问题的话，估计这位汉堡商人这一天定会因这具家门口的焦尸而愤怒一夜。
"我不想说自己对艺术一窍不通，但是我不得不承认，在生活中我很少把时间用来阅读诗歌以及诸如此类的东西。我总觉得这和一个汉堡正派商人的职业协调不起来。但是随着时间的流逝，当'教育的缺陷'最终令人难堪地表现出来时，我便开始时常从'女性'书中选出这本书来，以弥补我知识上的缺陷，但我不免左顾右盼，确定不会被发现。但是不知是谁听到了风声--女士们已经发现了一切，她们面带着沉静的微笑对我们的过失并不理会，对我尤其如此。但是不管怎么样……某些特别有诗意的东西在我不知不觉、因而也就没有提出非议的情况下，被塞进了我的每日笔记本里，塞进去的纸条常常还露出点边。我今天对这样的一首诗格外钟情……"外面的枪声不停地响着，院子内时常有女人和孩子的啼哭声，同事们送来的一份份血淋淋的关于日本兵暴行的"报告"，都在此刻这位"汉堡商人"的耳边、眼前充斥着，喧哗着。
