自上海占据形势逆转后，退却紊乱不堪。第七十四军军长俞济时率所部第五十一师王耀武部、第五十八师冯圣法部，与战区长官司令部完全脱离关系，自苏州一直退到南京附近的句容、汤山一带。俞济时也是蒋介石的亲戚，曾充当蒋之侍从人员及警卫旅长多年。他到汤山后便来南京见蒋介石，蒋也没有责备他，就叫他率部参加守卫南京，京唐生智赋予这个军以守备淳化镇、牛首山一带的任务。这大约是十一月二十七日前后的事情。约再过了两三天，又有第六十六军军长叶肇率所部第一五九师谭邃部及第一零六师(叶肇自兼师长)，第八十三军军人邓龙光率所部第一五四师巫剑雄部和第一五六师李江部(这两个军都是广东部队)子镇江退到句容、汤水镇(唐山镇)一带。京唐生智报告蒋介石核准，命叶、邓两军均参加保卫南京的任务。卫戍长官部令这两个军在汤水镇东西之线占领阵地，阻击沿京杭公路向北进犯之敌。这样就形成了以第二军团、第六十六军、第八十三军、第七十四军守卫南京外围阵地，以第三十六师、教导总队、第八十七师、第八十八师守卫南京负廓阵地的两线配备态势。由于部队的残缺，新增加的这三个军合计实有兵力约为四万人左右。加上原有的，保卫南京的总兵力约为十一万多人。
二、德国大使陶德曼到南京的内幕
截至十一月二十五日止，国民政府所属各机关都已迁徙到武汉或重庆去了。在八一三上海战争未爆发以前，南京人口约为一百万人，至此所剩仅三十余万人。蒋介石于十一月二十九日(或三十日)亲自带着唐生智、罗卓英、周斓(长官部参谋长)，王敬久、孙元良、宋希濂、桂永清、邵百昌(江宁要塞司令)等人到紫金山、雨花台、狮子山炮台等处视察了南京的复廓阵地。政府的重心移至武汉去了，蒋介石在南京已经无事可做，为什么还不走呢？这是一个谜。在视察城区阵地完毕的那天，我问侍从室主任钱大钧："委员长和你们什么时候离开南京？"钱悄悄地对我说："还要几天，德国大使陶德曼就要来京见委员长。"我觉得突然，就续问："陶德曼这个时候到南京来干什么？"钱说"还不大清楚，可能是德国想来斡旋和平。"过了几天，我向蒋介石的侍从秘书萧自诚了解陶德曼来京的内幕。他告诉我："陶德曼这次来京见委员长，是想由德国调停中日战争，他转达了日本所提停战条件六项：(一)承认伪满、内蒙独立；(二)扩大"何梅协定"，规定华为为不驻兵区域；(恩三)扩大"淞沪协定"非武装区；(四)中、日经济合作；(五)中、日共同防共；(六)根绝反日运动。委员长曾征询白崇禧、唐生智、顾祝同、徐永昌等人的意见，他们均表示可以接受。电商阎锡山，也表示赞同。委员长向陶德曼表示，可以将以上条件作谈判基础，但对日本不敢信任，日本说话可以不算数，德国是好朋友，要求德国须始终担任调人到底。"同时又对我说："德国希望中国参加反共反苏阵线，自不愿中日间的战争演变为长期性的。日本对中国的政策亦不希望长期战争，它是采取逐次吞并的策略；因而和平谈判的可能性颇大。如果谈判，总需要一些时间，日均在这期间大约不会进攻南京。这样，我们可利用这个机会把部队整顿充实一下。"这虽是萧自诚的话，实际上就是蒋介石的想法。
十二月四日晚八时，蒋介石到南京卫戍司令长官部召集师长以上的高级干部讲话，内容要点为：(一)抗战五个月来，虽然军事上是暂时的失败了，丧失了许多地方，但也给了日军以相当大的打击，使日军不能达到它速战速决的目的。(二)由于我国的英勇抗战，获得了国际上的同情和支援。(三)为什么要守南京呢？因为南京是我国的首都，又是总理陵墓所在，为国际观瞻所系，同时对国内人心的影响也很大，所以必须固守。(四)守南京可以牵制敌人兵力，而使其他部队得有喘息和整补的机会。(五)希望大家抱定决心，努力固守。现云南部队三个师装备齐全，兵力充足，又有作战经验，不久就可到达武汉。我将亲自筛另这个部队从皖南方面来解南京之围。(六)守卫南京是一个伟大而光荣的任务，大家要在唐司令长官指挥之下，同心同德，抱定不成功便成仁的决心，克尽军人守土卫国的神圣职责。蒋介石讲话一个多钟头后，唐生智以悲壮的语调表示誓与南京共存亡。最后蒋嘱大家要"效法唐长官的决心和精神。服从唐长官的指挥，努力完成任务。"会后，蒋介石便乘飞机离开了南京。
三、敌军三路进攻势如破竹
自敌军于十一月二十五日占领无锡后，即策定分三路进攻南京的计划。东路沿沪宁路进袭镇江后即向南京进犯，中路沿宜兴、溧阳、句容，直犯南京；西路则先趋广德京宣城攻芜湖，截断我南京守军的退路。东路之敌陷镇江后以一部沿铁路西进，于十二月七日与我栖霞山守军第四十一师接触。东路敌军主力沿杭公路西犯句容，于十二月四日攻陷；至六日，句容之敌北犯汤水镇，与我第六十六军发生激战。中路之敌自陷宜兴后，即沿京杭国道继续北犯，先后进陷溧阳、溧水，于十二月六日进抵淳化镇，与我第五十一师发生吉安。西路之敌自陷广德后，即继续前进，向郎溪进犯，在七里店、陆家铺、长乐铺等处，利用水道，以小汽艇前进，占领郎溪，于十二月六日渡丹阳湖南案，威胁我芜湖后方。同时，一部敌军，由十里岗越南漪湖之西陈村、双塘店进犯宣城；七日，敌军用战车冲入城内，遂陷宣城，旋犯湾止镇。八日，敌军之第十八师团及伪满军于芷山旅猛犯芜湖，国民党守军及行政专员、县长等均弃城而去；敌军进城后，屠杀我市民二千余人于金边。至十一日，南京与芜湖间之当涂，亦被敌军占领。至十二月八日我第六十六军、第八十三军部队在汤水镇东西之先线遭受敌军重大压力，放弃该地，转移至城郊紫金山东北地区；同时，我第七十四军退出淳化镇、大胜关一带，并在大胜关东北地区继续与敌激战，我第二军团两个师仍在栖霞山附近与敌军对恃。自六日以来，敌经常以大批飞机轰炸城内及城廓附近各要点。
十二月九日南京卫戍司令长官部发布命令，要旨如下：(一)敌军已迫近南京，我军目下占领的复廓阵地，为固守南京之最后战线。各部队官兵应以与阵地共存亡之决心，尽力固守，决不许轻弃寸土，动摇全军。若有不尊命令，擅自后移者，定遵委座命令按连坐法从安办理。(二)各军所有船只，一律交本部运输司令部负责保管，不准私自扣留；着派第七十八军军长宋希濂负责指挥沿江宪警，严禁部队散兵私自乘船渡江，违者即行拘捕严办，倘敢抗拒，准以武力制止。
十二月九日敌围攻南京城更为逼近。我第七十四军在大胜关、牛首山一线被敌军攻破，节节后退，被迫转移至水西门附近担当守备；旋敌军追至，即在水西门外之上河镇(上新河)一带与敌发生激战。栖霞山被敌军攻占，我第四十一师退至和尚桥附近与第四十八师协力在该地一带占领阵地。淳化镇之敌军主力，陷高桥门、七桥瓮，遂沿大路向光华门进攻；另一部占领同济门外的营房，并向通济门进攻。沿京杭国道由汤山向南京进攻之敌，于九日向我教导总队守备的老虎洞、体育场、马群、孝陵卫西南一带高地(恩这是前进阵地)展开攻击，我守军受敌军的攻势压迫，于当晚放弃了这条前进阵地，退守子第二峰、麟阁寺、西山之主阵地。十日，敌围攻南京复廓阵地甚为猛烈，午后敌军一部突入光华门外廓，京教导总队与第八十七师协力反攻，至黄昏始恢复。十一日，全线都在激战，我守军增援城防，并做巷战准备。十二日，敌军第六师团主力猛攻中华门外重要据点雨花台，守军第八十八师伤亡惨重，雨花台陷落。敌军迅即以重炮向中华门轰击，同时地以一部分炮火向城内新街口、中山东路等处射击，有许多建筑物毁，震裂声振动全城；有三处起大火，黑烟冲霄汉。自雨花台陷落后，第八十八师全部守备中华门，受敌军重炮的轰击，敌步、工兵逼近城垣。第八十八师师长孙元良率所部二千余人向下关方面退却，企图过江。唐生智得悉，命我负责堵阻。我当力劝孙元良不可这样擅自行动。孙为情势所迫，乃又率所部回中华门附近。敌军第十六师团主力于十二日拂晓猛攻教导总队在中山门外的主阵地带，中山陵园、遗族学校、吴王坟一带激战甚烈；至午后阵地多处被突破，敌军逼近中山门，但紫金山主峰尚在我军固守中。敌军另一旅团本日上午突破我第四十一师、第四十八师在和尚桥附近的阵地，占领杨坊山、银孔山一带，继续向乌龙山要塞进攻，并有一部分向西窜犯。另有敌军一部占领江心洲等处，其主力与我第七十四军在上河镇及水西门附近发生激战。围攻南京之敌为第六、第九、第十二师团及第五师团之第九旅团。十二日敌军对南京城的攻击达最高潮。敌重炮猛轰中华门，有数处倒塌，敌步兵在其炮火掩护下蜂拥而上。守军第八十八师抵挡不住，撤离中华门。至此，南京城被打开了一个缺口。
当战争将迫近南京时，曾有些人士及外国传教师等，倡议组织难民区。京卫戍司令长官部核准，划中山北路以北地区，即自新街口为起点至山西路止为难民区，区内约可容二十五万人。中华门花牌楼一带，原为居民聚居地区，尤以世世代代生长在南京的人及无力他徙的贫民，多半是住在这个地区里。十二日敌军猛攻中华门，这一地区落的炮弹颇多，许多房屋被毁，遂使这一带的居民发生恐慌，纷纷趋往安全区。当其奔走逃难之时，更高呼亲友，告以日军已冲入城内。而第八十八师及一些高射炮队等亦加入退却。至是，自中山东路起通往下关江边之马路上，拥挤不堪，纷纷争先梗塞于途。亦有急于奔逃，而将各物抛弃途中者。逃难中的居民及一部分兵，亦有迁入难民区者。总之，十二日下午形成了极端混乱的状态。
四、惨死同胞三十多万人
十二日下午二时，卫戍司令长官部指示本师：(一)下关通浦口为我军后方唯一交通路，应竭力维持秩序，严禁部队官兵及散兵游勇麇集，以确保要点。(二)第七十四军在上河镇与敌激战，其后方交通应由汉西门与城内联络，禁止该军部对五通过三岔河退入下关。(三)着该师在挹江门至下关一带，立即施行戒严，禁止一切活动。至四时左右，第七十四军在三汊河搭浮桥，企图进入下关，京唐生智命本师予以制止。
自十二日下午二时敌军攻占中华门。追山门外的战斗亦异常激烈。敌军猛攻乌龙山要塞，情况十分紧张。敌海军舰队正在乌龙山附近江面清扫鱼雷，排除航行障碍物；同时得知侵陷当涂之敌，已在该处渡过长江，向浦镇前进中。卫戍司令长官部认为情况异常严重，战局难以挽救，遂于下午五时召集师长以上将领开会。首先由唐生智简要地说明战况，并提出分路突围的计划，征求各主官的意见，大家均无异议。于是长官部参谋长周斓以印刷好了的命令发给每人一份，会议只史时二十分钟就散了。命令规定占领挹江门至幕府山一线的第三十六师，负责掩护长官公署及直属部队渡江后得继续渡江，其余部队一概不许渡江，按照长官部指定的方向--广德、宣城、芜湖间地区--突围。但除第六十六军军长叶肇，第八十三军军长邓龙光执行了这个命令，率所部绕过栖霞山附近敌军，穿过其间隙突围成功外，其余多拥向下关，企图觅船过江。这就造成了十二日晚间在挹江门下关一带的极度混乱。
下关浦口间原有两艘渡轮，每次可载七八百人，往返一次约需时四十五分钟。那时下午五时就天黑了，早晨要到七时才天亮，即夜间有整整十四个小时可以航行(因白天敌机活动频繁，不敢开行)。如果卫戍司令长官部的运输机关能确实掌握这两艘渡轮，则至少可以运送三万人过江，谈到他们却让这两艘渡轮开往汉口去了。留存在下关江边的，只是几艘小火轮(最大的只有一百多匹马力)和约二三百只民船，这样多的人要过江去，而船只却这样的少，因而就发生了许多悲惨事件。长官部召集的会议散了后，唐生智等立即开始渡江，但各部队均不遵令突围。教导总队、第八七师、第八十八师、第七十四军及南京警察等，均沿中山路拥向下关，争先抢过挹江门，互不相让，并曾一度与守挹江门之第三十六师第二一二团部队发生冲突，秩序混乱达于极点。随之下关亦乱，船只既少，人人争渡，任意鸣枪。因载重过多，船至江中沉没者有之。许多官兵拆取店户门板，制造木筏，行至江中，因水势汹涌，不善驾驭，惨遭灭顶者数以千百计。哀号呼救之声，南北两岸闻之者，莫不叹伤感泣，真可谓极人世之至惨。
十二日下午五时半我在长官部开会回师部后，即以电话令各部队严密戒备，掩护唐长官等渡江，至九时左右长官部人员已渡江完毕。我于九时三十分集合各部队长面授要旨：(一)军掩护长官部渡江后陆续渡江；(二)第一零六旅之第二一二团担任挹江门至下关一带的警戒，待命渡江；(三)第一零八旅留一部担任和平门、尧化门等地的警戒，待命渡江；(四)无任务之部队，本(十二)日晚十一时开始移动，至和记公司附近集合，归第一零八旅刘英旅长指挥；(五)各部队概由金川门出城，不准经过挹江门。我率师司令部人员及直属队于是日晚十二时到达和记公司附近，拥挤，第三十六师的部队多被冲乱，有些船亦被他们抢渡去了。至十三日晨八时止，本师渡江到了浦口的约为三千人，未能渡江者占半数以上。有第二一二团营长谢淑周因部队被冲散，又无船可渡，他和两个传达兵扎了一个木筏，三人坐其上，放之江中，随波逐流，顺江而下。行至乌龙山附近江面，被敌舰发现，用机枪扫射，有一传达兵中弹殒命，他们将之推入江中，继续漂流。一直流至扬州附近十二圩，才被船户发现救起，在一个乡村里换了衣服，步行至津浦铁路之张八岭车站始获归队。
十二月十三日敌军入城后，纵兵放火，奸淫屠杀，将我无辜民众及失去抵抗力之徒手士兵，用绳索捆绑，每一百人或数百人连结一团，用机关枪扫射，或用汽油焚烧。据后来远东国际法庭对敌酋松井石根判决书调查证明：我军民被敌社杀或焚活埋者十九万余人，此外零星屠杀的尸体经收埋者十五万余具，总计我惨死同胞三十多万人！日军在城内以"杀人竞赛"取乐。被奸淫妇女少者才九岁，老者到七十六岁，有的奸后又被剖腹。实为现代战史上破天荒之残暴记录。
