不久，日军已从城墙缺口处潮水般涌入城内，成百上千的中国士兵在无人指挥的情况下躲在民居里各自为战直至战死。
南京市长兼警备司令萧山令率宪兵部队到达江边，这时日军尾追而来，向撤退的中国军民开火。萧山令下令所部停止撤退就地反击日军，掩护其他军民渡江。萧山令振臂高呼："杀身成仁，今日是也！"说完，便率领剩余官兵挺着刺刀与日军展开肉搏，直至全部壮烈牺牲。
南京保卫战历时8天，中国军队伤亡5万余人，有十多名将军阵亡，毙伤日军1.2万余人。
唐生智开始决心与南京共存亡，后来突然决定撤退，又未拟定周密的撤退计划，直接导致撤退中陷入极度混乱的局面，自相践踏，损失惨重。10万守军大部分都未成功突围，成为5万日军的俘虏。
12月13日，日军占领南京，由此开始了连续六个星期惨绝人寰的南京大屠杀，遇害军民达30多万人。昔日繁华的六朝古都，满目疮痍，尸横遍野，成了一座人间地狱。
