既然南京大屠杀毋庸否认，那接下来日本国内的主要争论焦点，就集中在屠杀遇难者准确人数上了。承认南京大屠杀发生过的日本"肯定派"内部，"大屠杀派"认为死难人数在"10万级别，20万以内"，"屠杀少数派"的史学家秦郁彦提出"4万上限"的观点，最保守的板仓由明则认为在"2万以下"。
因为遇难人数的估计与"30万"有或多或少的出入，中国国内舆论往往将日方的"肯定派"成员，与态度死硬的"否定派"放在一起强烈批判。
