黎显衡介绍，华南理工大学的专家对旧址建筑进行了全面详尽的勘探，纪念馆还到全国各地寻访黄埔军校第1期至第4期的学生，为修复军校旧址提供了许多详实珍贵的文字和图片材料。针对原址地基的定位发掘调查一共进行了三次。其中，还将军校当年的模样制成建筑模型，多次找到长洲岛上的老村民共同回忆修正。
1996年，广州市政府长洲文化旅游风景区开发建设领导小组决定复建校本部。6月16日奠基，按国家文物局批复的"原位、原尺寸、原面貌"的原址重建，面积10600平方米，耗资2000余万元。
