作为一本研究现代重大历史事件的著作，《南京暴行》一书写作上有些过于感性，严肃的历史考证有时退居次席。感人至深的主题及内容叙述，让本书登上畅销书排行榜，却也因为史料方面的硬伤使作者受到批评。
《南京暴行》刚一出版，大屠杀"肯定派"历史学家秦郁彦便直接指出，该书中有11张照片为"伪造"，"大屠杀派"的笠原十九司、本多胜一读完该书，也表态希望张纯如将书中失误之处加以修正。
