1941年8月，国民党方面以"存在思想不当"为由强行解散该组织，将除鹿地亘之外的成员关进贵州镇远的战俘营，并对他们实施隔离监视，此事也被称为"小新四军事件"，令国内外舆论哗然。后来国民党在政治部内部设立"鹿地研究室"，安排鹿地亘等少数几名日方人士收集日方情报。但大多数反战组织成员一直被国民党拘禁在战俘营，不少人因疾病折磨而死，到日本投降前夕大约剩余170人。
