"南京调查敌人罪行委员会"起步最早，至1946年2月, 已获得500余份资料, 涉及日军在南京的屠杀、伤害、奸淫、劫夺、破坏、强制服役等罪行295882种。"南京市抗战损失委员会"调查发现，日军占领期间，南京损失的各类财产，相当于法币2万亿元。"南京大屠杀案敌人罪行调查委员会"的任务是搜集大屠杀证据，"以供献于远东法庭"。经其调查，整理出大屠杀中有确实人证的案件2784件，包括枪杀1159件，刺杀667件，集体屠杀315件，烧杀136件，先奸后杀19件，炸死19件等。③
为调动民众参与、配合调查的积极性，蒋介石还曾在《中央日报》上亲自撰文呼吁。蒋在文章中承诺："在敌人大屠杀下殉难军民之遗属，冤愤一日未伸，余之责任一日未尽。……凡我同胞，其有身经当日大屠杀惨祸暨在敌伪暴力压迫之下，受有各种枉曲者，余均愿详知其事实及屠杀压迫之主谋，……一经查明属实，定处分别以战罪提付审判。"（《中央日报》，1945年12月21日）
