日军在得知"驼峰航线"后，派战斗机从缅甸密支那起飞，拦截没有防御能力的运输机。担任护航的是美国陆军驻印度的第10航空队和驻中国的第14航空队。据统计，仅在"驼峰航线"开通时至当年年末的半年中，飞虎队为"驼峰航线"护航就击落日机149架，击毁日机85架。1943年3月，"驼峰航线"开通16个月后，美军将"驼峰航线"的指挥权正式交给飞虎队司令长官陈纳德。从此以后，"驼峰航线"与飞虎队同在陈纳德的指挥下，两者逐渐融为一体。到盟军反攻夺回密支那后，"驼峰航线"的安全才得以彻底好转。
"驼峰航线"在1945年7月达到最高峰，一个月运输物资71042吨。1945年8月日本投降后，"驼峰航线"空运量迅速下降，到了11月30日，"驼峰航线"空运正式结束。
