然而台湾"总统"李登辉上台后，尽管南海主权纷争已初显端倪，但为推进与东南亚国家所谓"实质邦交"，竟于1999年下令台军将太平岛防务转交给"海巡署"。但此等"自降身段"的做法并未受到东南亚有关国家的响应，反倒在诸多攸关南海争议的场合里，台湾屡遭排斥。
香港《亚太防务》杂志认为，台军若重返太平岛，将有效慑止越南、菲律宾的不轨举动，可与大陆共同维护南海"祖业"。但美国内心不愿两岸因南海争端联手对外，从而影响美国对台湾的掌控和深度介入南海。美国曾多次撕下"中立"的面具，通过在台协会公开阻挠台当局加强在太平岛的防御能力。
