这些虐待光绪的情形很多。专家们认为，慈禧的虐待使得光绪心情不舒畅，病体更加重，以致死亡。专家们称："详考清宫医案，用现代医学的语言来说，光绪是受肺结核、肝脏、心脏、风湿等慢性病长期折磨，致使身体的免疫力严重缺失，酿成了多系统的疾病，最终造成心肺功能衰竭，合并急性感染而死亡。"(冯伯祥：《清宫档案揭秘光绪之死》)也有的专家说："光绪之死与慈禧之死，其间并无必然之联系。光绪帝之死按脉案记录之病理、病状分析，属于正常的疾病死亡。没有发现突发性的意外病变之可能。所谓他是被慈禧所毒害而死的议论，至少，在目前来说，尚没有可靠的史料作依据。……他母子二人的接连死去……其实这不过是当时一种偶然的巧合，并没有什么值得可疑之处。"
另一位专家说："从光绪帝临死前的脉案及其亲书的《病原》来分析，其死因属于虚劳之病日久，五脏俱病，六腑皆损，阴阳两虚，气血双亏，终以阳散阴涸，出现阴阳离决而死。"(李秉新《光绪猝死一案》)
1938年，易县的崇陵(光绪陵墓)被盗掘，尸体遗物暴露在外。1980年清理并重新封闭了崇陵，曾将光绪的遗骨作过简单检测，当时没有先进的检测仪器，并没有发现有外伤的痕迹，亦无中毒表现。此次检测过程较简单，故只能以脉案作分析，光绪之死属于正常死亡，遂成定论。崇陵重新封闭时，将光绪的若干头发、遗骨与衣服保存在西陵文物管理处的库房内。
社会上虽有人提出了不同意见，但并没有更强有力的新证据。如《启功口述历史》中说：慈禧太后病痢，他的曾祖父(启功为清朝宗室，其曾祖父溥良为晚清礼部尚书)在太后住所外侍疾，"就在宣布西太后临死前，我曾祖父看见一个太监端着一个盖碗从乐寿堂出来，出于职责，就问这个太监端的是什么？太监答道：'是老佛爷赏给万岁爷的塌喇。'塌喇在满语中是酸奶的意思。当时光绪被软禁在中南海的瀛台，之前也从没有听说过他有什么急症大病，隆裕皇后也始终在慈禧这边忙活。但送后不久就由隆裕皇后的太监小德张(张兰德)向太医院正堂宣布光绪皇帝驾崩了。"但由于对光绪的脉案进行了详细研究，大多数人相信光绪是正常死亡，所以启功先生这段证言未引起学术界和社会的重视。
三
进入21世纪，光绪之死的谜案又被提上日程，由中央电视台清史纪录片摄制组、清西陵文物管理处、中国原子能科学院反应堆工程研究设计所和北京市公安局法医检验鉴定中心四个单位共同合作，组成"清光绪帝死因"专题研究课题组，运用最先进的技术，采用最精密的仪器，对光绪遗体的头发、遗骨、衣服以及墓内外环境进行反复的检验和缜密的分析研究。该研究工作极为复杂艰难，研究时间长达五年之久。
由于崇陵已重新封闭，不可再开棺检验，且年代已久、检材不足，因此研究工作困难巨大。但课题组运用侦查破案的思维方式，根据信息的产生、传递、处理、还原、应用等原理，充分利用"中子活化""X射线荧光分析""原子荧光光度""液相色谱/原子吸收联用"等一系列现代专业技术手段，通过开展综合分析、模拟实验、双向推理、多维论证等多项工作，对西陵保存的光绪头发、衣服、遗骨进行检测和研究，最终破解了光绪帝死亡之谜。
在研究分析中，为准确检测和推断光绪帝死时体内微量元素的情况，研究人员将光绪帝的头发清洗晾干，再剪切成1厘米长的若干截段分别测试，结果发现，光绪帝的两缕头发截段中含有高浓度的元素砷(As)，其最高含砷量为2404毫克/克，远高于正常人头发的含砷量1-10毫克/克，且各截段含量差异很大。砷在自然界分布很广，多以硫化物和氧化物形式存在，主要有雄黄(二硫化二砷)、雌黄(三硫化二砷)、砒霜(三氧化二砷)等，其中砒霜(三氧化二砷)是剧毒的砷化合物。
为验证光绪帝的头发砷含量是否确属异常，研究人员分别提取了隆裕皇后、一清代草料官及当代人的头发样本分别进行同时代、同环境、同性别发砷测试，结果证实，光绪帝的几处头发截段中最高砷含量不仅远远高于当代人样本，也分别是隆裕皇后的261倍和清代草料官的132倍。为验证光绪帝头发中的异常砷含量是否因长期服用中药雄黄等而导致慢性砷化物中毒所造成，研究人员又将其与当代慢性砷化物中毒的人发砷进行了对比实验，结果显示，光绪帝的头发上最高含砷量是慢性中毒患者最高含量的66倍，且砷分布曲线与慢性砷化物中毒者的砷分布曲线完全不同。由此证实：光绪帝头发中的高含量砷既属异常现象，又非自身服药引起慢性砷化物中毒而成。
那么光绪帝的头发的高含量砷究竟从何而来呢？为弄清这一问题，研究人员首先进行了光绪棺椁内外等环境取样与砷元素含量检测，检验结果：光绪帝头发中的最高砷含量是其棺椁内帷幔碎屑等物品最高砷含量的83倍，是墓内外环境样品包括棺椁盖上土最高砷含量的97倍，环境样品中的砷含量远低于光绪帝头发上的砷含量。由此，环境污染的可能被排除。接着，研究者又进行了含砷物质浸泡模拟实验，结果发现，外界的砷化合物不经过自身机体代谢，也可以吸附、渗透到头发内。由此推测，光绪帝头发中的高含量砷是由光绪身体内含有高浓度砷的物质沾染所形成。随着研究工作的逐步拓展与推进，在排除了周围环境物质的沾染后，各种研究数据把光绪帝头发上的大量砷元素的唯一来源，集中指向了光绪帝的腐败的尸体。
光绪尸体是否是沾染其头发的砷的唯一来源？如果是，那高浓度砷化物是什么？这些高浓度砷主要存驻于尸体何处？其化合物种类和总量是多少？是否能致其死亡？为搞清这些问题，研究人员决定扩大检测分析范围并依照法医工作规范取样检验。首先，对光绪头发上沾染的残渣物进行了重新检测，检测结果是残渣物的砷含量高于头发。由此，进一步证明了含高浓度砷的残渣物是头发高含量砷的来源；其次，对提取的光绪帝的遗骨进行了表面附着物的刮取与检测，结果表明，其中两块遗骨(一块肩胛骨和一块脊骨)表面沾染了大量的砷，说明这些砷确实来源于腐败尸体；随后，对光绪帝的随葬衣物进行了全面系统的砷的分布的检验。光绪帝的送检衣物共有五件，其中四件上衣(或外衣)，一条裤子。由于年代已久，五件衣物除龙袍保存状态尚为良好外，其余三件内衣均已严重腐烂。根据尸体腐败对穿着衣物侵蚀由内向外会逐步减轻的一般规律，研究人员依次推定出四件上衣由内到外的穿着顺序。随后依照物质吸附和信息转换还原原理，对接近光绪帝尸体特殊部位的衣物分别取样，进行了砷的分布的检验。
检测数据结果表明：从同一件内衣看，每件衣物的胃区部位、系带和领肩部位的含砷量都高于其它部位：从穿着层次看，里层衣物的含砷量大大高于外层；从尸体的特殊部位看，衣物掉落下来的残渣(胃肠内容物)的砷含量极高。这说明，大量的砷化合物曾存留于光绪帝尸体的胃腹内，并在尸体腐败过程中由里向外侵蚀衣物，由此造成胃腹部位衣物的高含砷量。
随着研究工作的推进，大量砷化物曾在光绪帝体内驻存已被实验所证实，但具体是何种砷化物以及其总量是多少还尚不明确。砷化物不同种类具有不同的毒性。因此，研究人员又对光绪帝发中高含量砷的砷种态(即砷价态或形态)进行了分析，采用液相色谱/原子吸收光谱联用分析法研究不同种态砷的比例关系，结合进行动物小鼠模拟实验，以判定可能导致光绪帝中毒死亡的砷化合物种类。同时，通过衣物、头发、附着残渣等对光绪帝尸体中的砷化合物总量进行了仔细测算。
实验结果表明：光绪帝摄入的砷化物是剧毒的三氧化二砷即砒霜，而其腐败尸体仅沾染在部分衣物和头发上的砒霜总量就已高达约201.5毫克。根据相关研究，人口服砒霜(三氧化二砷)60-200毫克就会中毒死亡。光绪帝摄入体内的砒霜总量明显大于致死量。至此，光绪帝死因终于破解，即：光绪帝系砒霜中毒死亡。其胃腹部衣物上的砷是其含毒尸体腐败后直接侵蚀遗留所致，而其构衣领部位及头发上的大量砷，则由其腐败尸体溢流侵蚀所致。
这次检测和研究的详情、方法、数据和结论由钟里满等十三位专家写成《清光绪帝死因研究工作报告》，结论是："光绪帝系砒霜中毒死亡。"此研究工作报告近日将公开发布。研究过程表明，这项工作走出了一条超常规之路，是运用现代科学技术和侦查思维解决历史问题的成功尝试，是自然科学研究与社会科学研究并肩合作的范例。研究结果也会对我国史学界和全社会发生重大影响。一百年前光绪和慈禧的死亡，预示了长达二千多年的中国专制帝制的崩塌。三年之后，武昌起义，孙中山领导的民主革命胜利，建立了共和国，清王朝终于被推翻。光绪帝被毒害致死，百年之后得以确证，尘埃落定，真相大白。
四
本课题的主题是光绪是否被毒死，已得到答复。至于主要凶手是谁？尚可研究讨论。以当时的条件、环境而论，如果没有慈禧太后的主使、授意，谁也不敢、不能下手杀害光绪。慈禧蓄意谋杀光绪已非一日，早在戊戌变法后，就已酝酿废立与弑杀阴谋。光绪二十四年八月初十日，太后再出训政后四天，即以光绪名义发布谕旨称："朕躬自四月以来，屡有不适，调治日久，尚无大效。京外如有精通医理之人，即著内外臣工切实保荐候旨，其现在外省者，即日驰送来京，毋稍延迟。"(《德宗实录》卷436)其实从四月以来，光绪正精神振作，意气风发，雷厉风行地进行百日维新，每天颁发许多诏谕，怎么会"屡有不适，调治日久，尚无大效"？这分明是假话，即使偶有小病，北京有太医院，何以立即要通告全国，征请全国名医为光绪治病。这不过是慈禧怀着废立与弑杀的心肠，在全国制造光绪病重的假象，以便有朝一日实现她的目的。慈禧玩弄的把戏当时许多人已洞若观火，因而有上海绅商经元善等1200人联名发电，"请保护圣躬"。全国各地和海外华侨也纷纷反对。外国公使也关心光绪的安全，强硬要求由法国医生入宫为光绪看病。两江总督刘坤一说"君臣之分已定，中外之口难防"。社会上激烈的反对声浪阻止了慈禧阴谋的实施。
从官方档案众多的脉案、药方看，光绪确实体弱多病，但并非因病而死。对这些脉案、药方，也要谨慎从事，考察它是什么环境条件下形成的。
如江苏名医陈莲舫被征召入京，为光绪治病，"叩头毕，跪于下，太后与皇帝对座，中置一矮几，皇帝面苍白不华，有倦容，头似发热，喉间有疮，形容瘦弱，……故事，医官不得问病，太后乃代述病状，皇帝时时颔首，或说一二字以证实之。殿廷之上，惟闻太后语音，陈则以目视地，不敢仰首。闻太后命诊脉，陈则举手切帝脉，身仍跪地上，据言实茫然未知脉象，虚以手按之而已。诊毕，太后又缕述病情，言帝舌苔若何，口中喉中生疮如何，但既不能亲视，则亦姑妄听之而已。"(许指严《十叶野闻》)
原来所谓看病如此而已！所谓"脉案"是依照慈禧所说记录在案，这样的"脉案"怎能确证光绪的真实病况？
不久，陈莲舫因如此诊治，承担极大风险，向太监行贿，告老称病逃回了家乡。
其他医生亦有类似回忆。内务府总管大臣增崇是带领众多医生入宫看病的官员，据他的儿子回忆：
"从当时的情况看，无论太医或外省保荐的医士，给光绪请脉，都得依慈禧的脸色行事。凡干不长的，多半是违背了慈禧心意；干长的则是切合了慈禧的'需要'了。至于世人所能见到的光绪的脉案、处方究竟如何，不待言说。对于这些事，我父亲(指增崇)、叔父们心中有数。我听得多了，也有些明白。"(耆存者《关于光绪之死》，文史资料选辑总122期)
还有当时著名诗人陈衍也说："冬，西后与德宗先后一日崩殂。初，德宗久病未愈，征医各省，处方有效则后怒。"(《凌霄一士随笔》)
总之，慈禧惟恐自己先死，光绪复出掌权，尽翻旧案，故而在全国求医问药多次，大造光绪病重的舆论，希望光绪因体弱多病而先死，在人间悄悄地消失。但事与愿违，偏偏自己先罹重病，势将不起，故临终前令亲信下手毒死光绪。从检测结果与史料记载来看，这应是事实的真相。
