首先是加剧了民众的经济负担，造成了种种烦扰。虽然户部拟订的发行章程说明不得"藉端扰累勒捐"，上谕也曾强调"不准苛派抑勒"，但类似弊端仍层见叠出。有的地方官将"昭信股票""计亩苛派，按户分日严传，不到者锁拿严押，所派之数，不准稍减分厘。"户部也承认："股票扰民，屡经指摘"。朝廷更为此而不得不迭发上谕："各省办理此事，名为劝借，实则勒索，追催骚扰闾阎，莫此为甚，亟应严行查禁。著各督抚通饬各该地方官遵照部定章程妥为办理，商民等愿领与否，各听其便，如有不肖官吏藉端指派，致滋扰累，当即查 照 惩 办 ，以 杜 流 弊 ，而 顺 舆情。"但在此之后，地方官以摊派勒索手段派购"昭信股票"的事件仍时有发生，民众的不满情绪也与日俱增。有鉴于此，清迁只得于1898年9月7日发布上谕，说明"各省办理昭信股票，苛派扰民"，自即日起，除京外各官仍准随时认领，并官民业经认定之款照数呈缴外，"其绅商士民人等，一概停止劝办"。
其次，是阻碍了民族资本主义的发展。19世纪末正是中国民族资本主义的初步发展时期，原本经费匮乏的工商业者，此时更见短绌，急需筹集资金扩大投资。清政府却不但不给予支持，反而通过"昭信股票"向工商业者勒索强借，从而使得工商业者的处境更为艰难。清政府的这一举措，与日本明治政府集资向工商业者借贷以"殖产兴业"的方针，形成截然不同的鲜明对比。明治政府为扶植工商业者发展民营工业和对外贸易，主动向工商业者发放贷款，不仅在国库基金中设立"个人贷"项目，而且增加"劝业资本贷款"，各府县也都陆续发放"劝业贷款"。日本工商业者在各级政府的资助下，克服初期资金短缺的困难，不久之后日本的资本主义获得迅速发展。而清政府不论是"息借商款"，还是发行"昭信股票"，都对中国民族资本主义的增长产生了阻碍作用。
在西方资本主义国家，发行公债曾是资本原始积累的重要方式之一，对于资本主义的增长产生过重要影响。马克思在《资本论》中指出："公债成了原始积累的最强有力的手段之一。它像挥动魔杖一样，使不生产的货币具有了生殖力，这样就使它转化为资本，而又用不着承担投资于工业，甚至投资于高利贷时所不可避免的劳苦与风险。"清政府"仿行外洋"发行所谓"昭信股票"，却不是像西方资本主义国家那样为加速资本原始积累，刺激工商业发展，而是向工商业者勒索强借，以偿还战争赔款和缓解财政危机，因而不仅不能促进资本主义发展，相反还起了阻碍作用。
"昭信股票"的其他一些流弊与消极影响，当时即有人上奏从多方面加以陈述。御史徐道焜曾于"昭信股票"发行仅一个多月，上了一道"昭信股票流弊甚多请速筹补救"的奏折，说明"昭信股票"所集之款不过一二，而种种弊端则"不可胜言"，其要者为造成银号、钱铺倒闭；地方官藉端勒索，苛扰商民；不肖官吏借机盘剥，中饱私囊；驱民尽投洋教等。这些论述，大体上是符合当时历史事实的。 最后应该说明，"昭信股票"的发行，目的就是为了集资向日本偿还赔款。日本帝国主义违反国际准则发动侵华战争，给中国人民造成了极大痛苦，却还强行要中国偿还巨额战争赔款，迫使出现财政危机的清政府不得不以"昭信股票"搜刮中国人民的财富，并由此导致上述各方面的恶劣影响。
