当时，内地各省只有一个巡抚，相邻几省共设一个总督。左宗棠规划的新疆省，规格比内地各省高，设新疆总督，乌鲁木齐为首府；同时设新疆巡抚，驻地为阿克苏。左宗棠还提议在伊犁设将军，统辖驻军；在北疆悉数按照旧制，不添不舍；在吐鲁番则增设道员等。
这一设计成为新疆建省的蓝本。1884年11月，清政府正式设立新疆省，除了不设总督，其他基本按照左宗棠的提议办。此时，左宗棠已在北京担任军机大臣，他的得力助手刘锦棠成为首任新疆巡抚。后来，刘锦棠治理新疆的诸多措施，都是参照左宗棠的建议。
新疆设省，是左宗棠治疆的一大亮点。这使得新疆从一个单纯的军事据点，变成祖国西北的大后方，极大促进了其与内地的交流，密切了各族人民的关系。新疆从此与内地行政相统一，政令与军令相和谐，行政效率有了迅速提升，迎来了一个管理顺畅的发展时机。
左宗棠在新疆时，对各级官吏的管理也颇有独到之处。他对旧有的官吏，特别是一些鱼肉百姓的官吏进行了大清洗。对新任的官吏，他强调除了监督和检查，更要懂得培训和爱护。"欲知民事，必先亲民；欲知吏事，亦须亲吏。"他给下属分发汪辉祖的《佐治药言》、陈宏谋的《在官法戒录》等官箴书，还自己动手编写了《学治要言》，训练官员的处事能力。在新疆各地官员递交的公文上，他屡屡批示"做官要认真，遇事耐烦"等话。
左宗棠也十分注意关心下属官吏。收复新疆后，他提高了南北各路州县官员的薪俸，办事效率和官场风气明显好转。林发深在新疆多个地方当过知府，为官清廉，家计窘迫，当他回乡治病时，左宗棠特别赠送500两白银，作为路费。此外，拒绝奢侈，禁绝陋规等，都是左宗棠个人严守的规矩，在新疆官场中起到了表率作用。
新疆的经济基础也需要夯实。作为洋务运动的领袖之一，左宗棠有过兴办福州船政局、兰州机器局的丰富经验。从桑蚕种植到畜牧业发展，从矿产开发到经商办厂，他力促新疆与内地互动，带来了新疆经济的发展。1877年，他让红顶商人胡雪岩从浙江湖州招收了60名熟悉蚕桑业的人，赶赴哈密、吐鲁番、阿克苏等地，开办制丝局，教新疆各族人采桑制丝。后来，他又让人两次从湖州运桑树秧苗过来，改良新疆的桑树品种。在兴办这些手工业和商业时，左宗棠特别注意"民力可用，商力可用"，主张商人自己运作，自己管理，官吏不插手，以免从中牟利。
在植树造林、改造环境方面，左宗棠也贡献甚多。他根据西北土壤环境，栽种了大量柳树，被人们亲切地称为"左公柳"，闻名天山南北。
左宗棠的另一项重要举措是重建货币制度。任何政权都会盯紧货币的制造，阿古柏政权盘踞南疆时，为了掠夺民众财富，发行了一种新的银钱--天罡。由于阿古柏等人在天罡铸造中掺假，市场交易混乱不堪。收复新疆后，左宗棠决定铸造新的银钱，每枚重1钱，价值10文铜钱。这种银钱的成色很好，两面都印有维文，深受老百姓喜爱。左宗棠又让部将张曜在阿克苏铸币局仿照乾隆旧版，制成新的铜钱，铜钱的正面依然印着汉文"乾隆通宝"，以便老百姓认同；背面增加满文和维文，方便老百姓识别。
倾听新疆大地的声音
历史的可贵，在于它总是打破常规的逻辑，告诉你曲折的现实；人性的可贵，在于它总是突破岁月的沉淀，留给人们无尽的思考。左宗棠是一个伟大的实践者，无论是收复新疆，还是治理新疆，其心胸之宽阔，见识之卓远，意志之坚定，举措之周密，爱国之热忱，无不令后人敬仰推崇。很难想象，如果没有左宗棠，当年的新疆将会遭遇怎样坎坷的命运。
左宗棠对新疆的巨大贡献，源于一个中国人对国家命运深沉的思考，源于一个主政者对来自新疆大地的声音用心倾听。
