中国历史上的知识分子向来是以文弱书生的面目出现，手无缚鸡之力，自怨自艾。但是，到清朝末年，中国先进的知识分子开始发威了。他们组织了几十个暗杀团体，制造了许多针对清廷高官的暗杀事件。比较著名的有：
1905年，吴越身绑炸弹，混上火车，要炸出国考察的"五大臣"。由于炸弹不慎提前爆炸，吴越英勇牺牲。孙中山称赞他"浩气长存"。
1907年7月，徐锡鏻在安庆巡警学堂毕业典礼上，毅然拔枪，连发七弹，射杀巡抚恩铭。次日，徐锡麟被斩首剖心。孙中山题赞："丹心一点祭余肉，白骨三年死后香"。
1910年，汪精卫刺杀摄政王载沣，他和几个革命同志一起在摄政王经过之处埋下了一个能装四五十斤炸药的大桶。炸药被清兵发现，但是由于清廷打算表现宽宏大量，这起未遂谋杀案被宽大处理：汪精卫被判处无期徒刑，很快民国成立，他也光荣出狱。倘若他死在这场刺杀案中，他将成为烈士，而不是一个汉奸。
蔡元培等人暗杀的对象都是清廷的高官，与梁山好汉杀贪官好像没有什么区别。但梁山好汉只反贪官不反朝廷，杀人只不过是在现有体制内对用法律解决不了问题的极端反应，有许多杀戮还属于个人恩怨。而蔡元培等革命党人的暗杀不是针对个体，而是针对旧制度和旧制度的维护者，没有个人恩怨，甚至还"恩将仇报"。徐锡麟刺杀安徽巡抚恩铭之后被恩铭的手下抓住拷打。徐一度被恩铭所赏识和厚遇，恩铭担任安徽巡抚之后也为当地教育做出很大贡献。但是徐认为，恩铭的赏识是私人的，杀死恩铭为的是民族和国家。这需要多大的勇气和决心。
蔡元培一生经历了四个时期：清朝，南京临时政府，北洋军阀统治，国民党政权。著名学者辜鸿铭曾在课堂上对学生讲过："中国只有两个好人，一个是蔡元培先生，一个是我。因为蔡先生点了翰林之后不肯做官就去革命，到现在还是革命；我呢？自从跟张文襄做了前清的官员以后，到现在还是保皇。"可见他对蔡元培颇为尊重。不过，让蔡元培始料未及的是，他一生革命为之奋斗所建立的国民党政权成了蒋介石的独裁政权。所以，他曾经说过"蒋介石是袁世凯第二，万不可信他"。
1940年3月5日，蔡元培在香港病逝。4月14日下午，延安各界千余人在中央大礼堂举行蔡元培、吴承仕二先生追悼大会，会场悬满挽联，周恩来送的挽联是：
从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；
从五四到人权同盟，先生之行在民主自由。
可惜，这两样在蔡元培的有生之年都没能实现。
