南昌教案发生后，路特致电美国驻华公使柔克义，指出："自中国每一个角落传来不安的消息，显示了暴风雨的降临。而对这些事，中国政府并无自动积极的表示，它显然已忘了义和团之乱的教训……美国政府觉得，我们有充分权利去要求：第一，采取有效措施，以阻止1900年暴行的重演；第二，凡同情排外运动者，不论其地位高低，严厉处置之；第三，采有效步骤取缔蔓延中的阻碍合法贸易的组织。"
美国海军开始向中国沿海集结，而英法两国则把军舰开进了鄱阳湖。各种迹象都显示，1900年义和团-八国联军般的噩梦，或许会再度上演。
在巨大的内外压力下，清政府终于喊停了抵制美货的运动，并对三起教案做了从重从快的判决。连州教案，5名被指控杀害传教士的乡民被斩首，中国赔偿教会损失费和抚恤金共4万多两白银，知州沈麟书等官员被问责革职；漳浦教案，中国赔款8万多两白银；南昌教案，中国赔偿"恤银"5万两、教堂银25万两、医院银10万两。
列强对此的回应是，英法军舰撤出了鄱阳湖，而美国的舰队取消了来华威慑的计划。
各方都在反思：为什么义和团运动过去了5年，中国特色的"民教冲突"(民众与教会的冲突)依然如此严峻和血腥？
其实，义和团运动之后，导致"民教冲突"的本质都没改变：那就是在"民教冲突"的表象下，并非信仰之争，而是乡村社会传统的、赤裸裸的利益冲突，被披上了宗教及反宗教的外衣。
西方传教士、尤其是天主教，为了吸引信徒、壮大教会，往往采取利益输送的方式，比如帮教民减免租税、帮打官司等。教会压外交官、外交官压清政府，这一生态链成为教会扩张的法宝。在利益驱动下，常常某村集体入教，而与其有冲突的邻村，则集体加入反教阵线。教会已经作为一种现实的政治力量，深深地介入了中国传统乡村治理，这正是当年刺激义和团大规模兴起的主要原因。
在利益"鸦片"诱导下，华人入教更多的不是基于信仰，而是基于利益，给自己弄一身趋利避害的"洋皮"。入教在很多地方被称为"吃教"，19世纪70年代的民谚，赤裸裸地道出了其中的利益诉求："天主我的主，鸡蛋大白薯"；"一十字，圣加号，真吃干饭假奉教"……
同样的，反教也并非出于民族救亡的觉悟，而是基于同样的利益考量和不同的路径依赖。有学者统计了1860年11月到1898年10月之间直隶发生的94起教案，大多数都是口角争殴、户婚田产、摊派钱文等民事纠纷，其中，与经济因素直接相关的有53起，占半数以上，而基于宗教信仰的冲突则几乎没有。
所谓的"民教冲突"，其实是中国式实用主义与投机取向的典型产物，鲁迅曾一针见血地指出："(吃教)这两个字，真是提出了教徒的'精神'，也可以包括大多数的儒释道教之流的信者，也可以移用于许多'吃革命饭'的老英雄……这种东西，我们为要和'敲门砖'区别，称之为'上天梯'罢。"当然，在这种冲突中，教会因为有列强的武力作为后盾，往往是强势的、占上风的一方。
至于有关洋教用药迷人信教、挖人眼睛制药等传言，虽然无稽，却因为教会的傲慢与不屑，不加解释，往往成为引爆民粹的导火线。无论从中方文献还是外方文献，从教会进入中国之后，似乎对这些广泛存在的疑虑，并没有采取过任何公关措施。而他们唯一的方式，就是不断向可怜的地方官施加压力，加剧自己在舆论中的"被妖魔化"程度。如收容弃婴的善举，由于华人很少愿意把孩子送到洋教堂，天津的修女们甚至订出办法，为每名收养儿童付出一笔奖金，这就间接鼓励了儿童拐卖行为。这种"收购"行为加上婴儿的高死亡率(不少弃婴本是有病的)，再加上不屑于解释沟通的傲慢，自然引来猜疑。
一方面是"天主我的主，鸡蛋大白薯"的现实利益冲突，另一方面是"收购弃婴"之类的怪异举动，教会迅速地成为民众心理的第一假想敌。
而在1905/06年的宪政元年，所发生的惨烈"民教冲突"，似乎给列强们一个强烈的信号：要防止中国的民粹火山被点燃，不能只依靠对中国政府保持压力，那样反而更容易激化民粹。最佳的办法，似乎是应当推动中国走向宪政。大清宪政考察团在欧美各国受到极为热情的接待，或许正是体现了国际社会在防止中国民粹喷发上的"与时俱进"？
