1940年，按照中央决定，中共中央南方工作委员会(简称南委)成立，一年后，郭潜调任南委组织部长，由福建调来谢育才接替他原来的工作。1941年7月，谢育才到达江西省委所在地安福山时，发现江西省委所属党组织除赣西南特委之外，都遭到了破坏，省委机关也不健全，但在此前郭潜给中央和南委的报告中，并没有真实地反映这些情况。谢育才预感不好，立刻向南委发电报告这些问题，南委复电，让他回南委汇报情况。
谢育才途经吉安时，被早已叛变的交通员出卖被捕。1942年4月特务拟胁迫谢育才一同前往诱捕郭潜，谢育才意识到南委面临的危险，连夜逃走，行程1000多里，于5月22日到达南委所在地，向组织报警。
此时的郭潜，刚从桂林领取上级组织汇来的10万元经费返回，已经到达曲江。南委在接到谢育才报警后，于5月24日给郭潜发了让他撤离的电报，但郭潜完全丧失警惕，收到电报后没能及时把密码译出。5月26日，他被中统特务逮捕。面对特务的突击审讯，郭潜提出3个条件：一是从桂林领回的南委经费中给他1万元(后来他实际拿了3万元)；二是不公开叛徒面目；三是保证人身安全。中统特务知道南委组织部长的位置非常关键，一旦策反成功，将会对南委地下党组织予以重创，于是爽快地答应了他的条件，郭潜随即叛变。
