1936年7月，经从苏联归国的张浩做工作，张国焘同意取消自立的党中央，并经中央同意成立了以张国焘为书记的中共中央西北局，郭潜也进一步受到重用，被张国焘任命为西北局秘书长，并兼任了甘肃省工委宣传部长。不久，长征结束，郭潜调到中央宣传部工作，同时在抗大兼任政治教员，讲授中国革命运动史。
此时，抗日民族统一战线已经形成，在南方8省的红军游击队被改编为新四军，中共也急需在南方恢复发展。1938年1月，中央抽调郭潜在内的100多名干部随同张云逸前往南昌，并以新四军军部为掩护成立了以项英为书记的中共中央东南分局，郭潜担任东南分局秘书长。不久，东南分局撤离南昌，经中共中央批准，成立了江西省委，郭潜先后任省委秘书长、书记。
